Artikel Ilmiah : B1A021040 a.n. INDHIRA DWI JAYANTI
| NIM | B1A021040 |
|---|---|
| Namamhs | INDHIRA DWI JAYANTI |
| Judul Artikel | OPTIMASI TEKNOLOGI NANOPORE SEQUENCING UNTUK DETEKSI GENOM VIRUS HIV PADA SPESIMEN PLASMA DENGAN VIRAL LOAD RNA LEBIH DARI 10.000 COPIES/ML |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Peningkatan kasus HIV di Indonesia mendorong pengembangan deteksi resistensi ARV yang lebih sensitif. Teknologi Next Generation Sequencing (NGS) berbasis Oxford Nanopore Technologies (ONT) digunakan untuk mendeteksi resistensi HIV-1 pada plasma dengan viral load RNA >10.000 copies/mL. Sepuluh sampel dianalisis melalui ekstraksi RNA, RT-PCR, Nested PCR, dan sekuensing GridION. Seluruh sampel berhasil diamplifikasi dengan kualitas DNA mendekati standar. Rata-rata Q score 8,1 masih rendah, namun coverage tinggi (rata-rata 1435×) memungkinkan koreksi kesalahan. ONT dinilai layak digunakan untuk deteksi resistensi HIV dengan analisis lanjutan melalui WHOQC dan Stanford HIVdb. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | The rising HIV cases in Indonesia drive the need for more sensitive detection of antiretroviral (ARV) resistance. Oxford Nanopore Technologies (ONT)-based Next Generation Sequencing (NGS) was used to detect HIV-1 resistance in plasma samples with RNA viral load >10,000 copies/mL. Ten samples underwent RNA extraction, RT-PCR, Nested PCR, and sequencing using GridION. All samples were successfully amplified with DNA quality near standard. Although the average Q score (8.1) was below the ideal threshold, high coverage (average 1435×) enabled error correction. ONT is considered feasible for HIV resistance detection, with further genomic analysis using WHOQC and Stanford HIVdb. |
| Kata kunci | HIV, Oxford Nanopore Technology, Genom Virus HIV, Viral load HIV. |
| Pembimbing 1 | Dr. Daniel Joko Wahyono, M. Biomed. |
| Pembimbing 2 | Tri Yuli Setianingsih, M. Biomed |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2025 |
| Jumlah Halaman | 9 |
| Tgl. Entri | 2025-07-22 09:45:28.117853 |