Home
Login.
Artikelilmiahs
49199
Update
INDHIRA DWI JAYANTI
NIM
Judul Artikel
OPTIMASI TEKNOLOGI NANOPORE SEQUENCING UNTUK DETEKSI GENOM VIRUS HIV PADA SPESIMEN PLASMA DENGAN VIRAL LOAD RNA LEBIH DARI 10.000 COPIES/ML
Abstrak (Bhs. Indonesia)
Peningkatan kasus HIV di Indonesia mendorong pengembangan deteksi resistensi ARV yang lebih sensitif. Teknologi Next Generation Sequencing (NGS) berbasis Oxford Nanopore Technologies (ONT) digunakan untuk mendeteksi resistensi HIV-1 pada plasma dengan viral load RNA >10.000 copies/mL. Sepuluh sampel dianalisis melalui ekstraksi RNA, RT-PCR, Nested PCR, dan sekuensing GridION. Seluruh sampel berhasil diamplifikasi dengan kualitas DNA mendekati standar. Rata-rata Q score 8,1 masih rendah, namun coverage tinggi (rata-rata 1435×) memungkinkan koreksi kesalahan. ONT dinilai layak digunakan untuk deteksi resistensi HIV dengan analisis lanjutan melalui WHOQC dan Stanford HIVdb.
Abtrak (Bhs. Inggris)
The rising HIV cases in Indonesia drive the need for more sensitive detection of antiretroviral (ARV) resistance. Oxford Nanopore Technologies (ONT)-based Next Generation Sequencing (NGS) was used to detect HIV-1 resistance in plasma samples with RNA viral load >10,000 copies/mL. Ten samples underwent RNA extraction, RT-PCR, Nested PCR, and sequencing using GridION. All samples were successfully amplified with DNA quality near standard. Although the average Q score (8.1) was below the ideal threshold, high coverage (average 1435×) enabled error correction. ONT is considered feasible for HIV resistance detection, with further genomic analysis using WHOQC and Stanford HIVdb.
Kata kunci
Pembimbing 1
Pembimbing 2
Pembimbing 3
Tahun
Jumlah Halaman
Save