Artikel Ilmiah : I1C017039 a.n. RADIKTYA SURYA PRADANA
| NIM | I1C017039 |
|---|---|
| Namamhs | RADIKTYA SURYA PRADANA |
| Judul Artikel | VIRTUAL SKRINING TURUNAN FLAVONOID DARI GENUS ARTOCARPUS MELALUI PENAMBATAN MOLEKUL SEBAGAI INHIBITOR TIROSIN KINASE |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Latar Belakang: Dalam pengembangan obat antikanker, epidermal growth factor receptor (EGFR) telah terbukti menjadi target yang layak untuk dilakukan studi lebih lanjut. Salah satu pendekatan terapi dengan target EGFR yang dapat digunakan yaitu inhibitor tirosin kinase. Senyawa flavonoid dilaporkan berpotensi sebagai inhibitor tirosin kinase. Penelitian ini bertujuan untuk mencari senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus sebagai inhibitor EGFR akibat adanya perkembangan mutasi pada EGFR. Metodologi: Virtual skrining terhadap inhibitor tirosin kinase dengan target protein EGFRL858R/T790M (PDB ID :6JX4) dilakukan melalui metode penambatan molekul dengan kontrol obat osimertinib dan olmutinib. Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul reseptor dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Reseptor ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan reseptor dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah divisualisasi Hasil Penelitian: Validasi menunjukkan nilai RSMD yaitu 1.97 Å. Energi ikatan terendah yaitu -10,0 kkal/mol untuk senyawa ACP35 sedangkan untuk kontrol olmutinib dan osimertinib masing masing adalah -8,2 kkal/mold an -7,2 kkal/mol Hasil visualisasi pada senyawa ACP35 menunjukkan ikatan hidrogen terhadap LYS745 dengan jarak 3,17Å; ikatan hidrofobik meliputi pi-sigma (LEU718, VAL726), alkil (MET790, VAL726, LEU718, LYS745), pi-alkyl (ALA743, LEU844, LEU718); dan interaksi akseptor-akseptor (MET793) Kesimpulan: Senyawa ACP35 berpotensi sebagai inhibitor EGFR. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Backgrounds: In the development of anticancer drugs, epidermal growth factor receptor (EGFR) has proven as an excellent target. Flavonoid compounds have been reported as potential tyrosine kinase inhibitors. This study aims to find Flavonoid derivatives from the genus Artocarpus as EGFR inhibitors due to the development of mutations in EGFR Methods: Virtual screening for tyrosine kinase inhibitors targeting the protein EGFRL858R / T790M (PDB ID: 6JX4) was carried out through the molecular docking method with the control drugs osimertinib and olmutinib. Protein preparations were treated by removing the water molecule and separating receptor molecules. The receptors attached with a native ligand and grid box coordinates were obtained. The RMSD value was determined from the results of the docking. The docking of 59 datasets to the receptor was carried out using validation coordinates before. The conformation with the lowest energy was visualized Results: The result of validation shows that the RSMD value is 1.97 Å. The lowest bond energy is -10.0 kcal/mol for ACP35 compound while for olmutinib and osimertinib control is -8.2 kcal/mol and -7.2 kcal/mol respectively. Visualization results on ACP35 compounds show hydrogen bond interaction to LYS745 with a distance 3.17Å; then hydrophobic bonds include pi-sigma (LEU718, VAL726), alkyl (MET790, VAL726, LEU718, LYS745), pi-alkyl (ALA743, LEU844, LEU718); and acceptor-acceptor interactions (MET793). Conclusion: ACP35 compound has the potential as an EGFR inhibitor |
| Kata kunci | EGFR, EGFRL858R/T790M, inhibitor tirosin kinase, virtual skrinning, penambatan molekul. |
| Pembimbing 1 | Dr. M. Salman Fareza, M.Si. |
| Pembimbing 2 | Dr. apt. Sarmoko, M.Sc. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2021 |
| Jumlah Halaman | 50 |
| Tgl. Entri | 2021-05-21 10:57:19.912825 |