| NIM | A1D022196 |
|---|
| Namamhs | VIRENZA MEIRA CAHYANI SUNARTO |
|---|
| Judul Artikel | KERAGAMAN GENETIK MUTAN KENCUR HITAM (Kaempferia parviflora) BERDASAR PENANDA MOLEKULER PENYANDI GEN CHALCONE SYNTHASE (CHS) DALAM BIOSINTESIS ANTOSIANIN |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Kencur hitam (Kaempferia parviflora Wall. Ex. Baker) merupakan tanaman herbal yang kaya akan senyawa metabolit sekunder, salah satunya antosianin yang berperan sebagai pigmen alami dan memiliki aktivitas antioksidan. Peningkatan keragaman genetik dapat dilakukan melalui induksi mutasi iradiasi sinar gama yang mampu mengubah sifat fenotipik dan kandungan senyawa bioaktif melalui perubahan struktur DNA. Analisis keragaman genetik diperlukan untuk mengetahui perubahan genetik yang terjadi melalui marka molekuler fungsional yang menargetkan gen chalcone synthase (CHS). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan primer spesifik gen CHS dan menganalisis keragaman genetik mutan kencur hitam berdasarkan penanda molekuler penyandi gen CHS. Metode penelitian ini dilakukan dengan mendesain primer melalui National Center for Biotechnology Information (NCBI) dan Integrated DNA Technologies (IDT). Primer dengan karakteristik dan hasil uji kualitatif terbaik meliputi Tm (melting temperature), persentase GC, dan panjang amplikon dipilih untuk sekuensing. Sekuens hasil sekuensing dianalisis menggunakan perangkat lunak BioEdit 26.1 untuk penggabungan (contig assembly) dan pensejajaran (alignment), kemudian analisis keragaman genetik dilakukan dengan merekonstruksi pohon filogenetik dan jarak genetik menggunakan perangkat lunak Mega 12 untuk melihat hubungan kekerabatan antar genotipe. Hasil penelitian menunjukkan seluruh primer yang didesain mampu mengamplifikasi gen target CHS pada seluruh sampel. Primer CHS3 menghasilkan amplifikasi pita yang paling tebal, jelas, dan sesuai ukuran amplikon sehingga dipilih untuk analisis sekuensing. Hasil analisis sekuens menunjukkan beberapa mutasi berupa substitusi, insersi, dan delesi, tetapi sebagian besar sekuens masih identik. Analisis filogenetik dan jarak genetik dosis 2 Gy dan 50 Gy menunjukkan hubungan kekerabatan yang paling jauh terhadap kontrol, dan dosis 2 Gy dan 6 Gy memiliki jarak genetik paling jauh antar mutan, sehingga dapat dikatakan dosis 2 Gy menghasilkan variasi genetik paling tinggi dibandingkan mutan lainnya Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai dasar informasi dalam mendukung kegiatan pemuliaan kencur hitam lebih lanjut seperti seleksi dan pengembangan vaeritas unggul dengan karakter yang lebih baik. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Black ginger (Kaempferia parviflora Wall. Ex. Baker) is a medicinal plant rich in secondary metabolites, including anthocyanins, which serve as natural pigments and possess antioxidant activity. Genetic diversity can be enhanced through gamma irradiation induced mutation, which can alter phenotypic traits and the content of bioactive compounds by changing DNA structure. Genetic diversity analysis is necessary to identify genetic changes that occur using functional molecular markers targeting the chalcone synthase (CHS) gene. This study aims to develop CHS gene specific primers and analyze the genetic diversity of black kencur mutants based on molecular markers encoding the CHS gene. The research method involved designing primers using the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and Integrated DNA Technologies (IDT). Primers with the best characteristics and qualitative test result including Tm (melting temperature), GC content, and amplicon length were selected for sequencing. The sequencing results were analyzed using BioEdit 26.1 software for contig assembly and alignment; genetic diversity analysis was then performed by reconstructing a phylogenetic tree using Mega 12 software to examine the relationships among genotypes. The results showed that all designed primers were capable of amplifying the target CHS gene in all samples. The CHS3 primer produced the thickest, clearest, and most size-appropriate amplification band and was therefore selected for sequencing analysis. Sequencing analysis revealed several mutations in the form of substitutions, insertions, and deletions; however, most sequences remained identical. Phylogenetic and genetic distance analyses revealed that the 2 Gy and 50 Gy doses exhibited the greatest genetic divergence from the control, while the 2 Gy and 6 Gy doses showed the greatest genetic distance between mutants, as a result it can be concluded that the 2 Gy dose produced the highest genetic variation compared to the other doses. The results of this study can serve as a basis for supporting further black ginger breeding activities, such as the selection and development of superior varieties with improved traits. |
|---|
| Kata kunci | Chalcone synthase, iradiasi sinar gama, Kaempferia parviflora, keragaman genetik, sekuensing |
|---|
| Pembimbing 1 | Eka Oktaviani, S.Si., M. Biotech. |
|---|
| Pembimbing 2 | Fatichin, S.P., M.P., Ph.D |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2026 |
|---|
| Jumlah Halaman | 12 |
|---|
| Tgl. Entri | 2026-08-24 11:34:13.424644 |
|---|