Artikel Ilmiah : B1A022132 a.n. TANAYA ARYO JALU BIMANTORO
| NIM | B1A022132 |
|---|---|
| Namamhs | TANAYA ARYO JALU BIMANTORO |
| Judul Artikel | KERAGAMAN MIKROBIOTA PADA SALURAN NASOFARING ANAK-ANAK USIA <5 TAHUN DENGAN ANALISIS METAGENOMIK |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Saluran pernapasan nasofaring merupakan ekosistem kompleks berbagai mikroorganisme. Struktur komunitas mikrobiota nasofaring berperan dalam homeostasis imunologi dan meningkatkan perlindungan terhadap penyakit infeksi saluran pernapasan akut pada anak-anak usia di bawah lima tahun. Komposisi mikroba bersifat dinamis dan terus-menerus mengalami maturasi yang dipengaruhi oleh berbagai faktor fisiologis, terutama seiring dengan bertambahnya usia anak. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil keragaman, struktur komposisi, dan dinamika taksonomi mikrobiota nasofaring pada anak-anak usia di bawah lima tahun berdasarkan tingkatan kelompok usia. Penelitian ini dilaksanakan dengan menggunakan pendekatan analisis metagenomik berbasis sekuensing amplikon gen 16S rRNA terhadap 53 sampel swab nasofaring. Sekuensing dilakukan dengan teknologi sekuensing rantai panjang berbasis platform Oxford Nanopore Technologies (ONT). Seluruh data mentah sekuensing diolah secara in silico melalui tahap kontrol kualitas, pemangkasan adapter, dan filtering panjang bacaan, dan identifikasi taksonomi hingga tingkat resolusi spesies menggunakan pipeline bioinformatika EMU berbasis expectation-maximization. Evaluasi keanekaragaman komunitas mikroba dianalisis secara statistik, mencakup keanekaragaman alfa melalui indeks Shannon, Simpson, Observed Species dan Chao1, serta keanekaragaman beta berbasis matriks jarak PCoA Bray-Curtis yang diuji signifikansi statistiknya menggunakan uji PERMANOVA. Hasil analisis menunjukkan bahwa sekuensing berhasil menghasilkan data berkualitas tinggi yang mampu menghasilkan profil komposisi mikrobiota nasofaring hingga tingkat spesies. Analisis keanekaragaman alfa mengindikasikan adanya variasi komunitas mikroba antar kelompok usia, pada kelompok usia yang lebih tua menunjukkan kecenderungan nilai keanekaragaman yang relatif lebih tinggi dan stabil. Uji PERMANOVA pada keanekaragaman beta mengonfirmasi tidak adanya perbedaan struktur komposisi mikrobiota yang signifikan antar kelompok usia. Profil kelimpahan relatif taksa didominasi oleh genus Streptococcus, Haemophilus, Moraxella, dan Corynebacterium. Penelitian ini memberikan pemahaman epidemiologi molekuler mengenai ekosistem mikroba saluran pernapasan anak. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | The nasopharyngeal respiratory tract harbors a complex ecosystem of diverse microorganisms. The structure of the nasopharyngeal microbiota community plays a role in immunological homeostasis and enhances protection against acute respiratory infections in children under five years of age. Microbial composition is dynamic and undergoes continuous maturation influenced by various physiological factors, particularly as the child ages. Therefore, this study aimed to analyze the diversity profile, compositional structure, and taxonomic dynamics of the nasopharyngeal microbiota in children under five, stratified by age group. This study employed a metagenomic analysis approach based on 16S rRNA gene amplicon sequencing of 53 nasopharyngeal swab samples. Sequencing was performed using long-read technology on the Oxford Nanopore Technologies (ONT) platform. Raw sequencing data underwent in silico processing, including quality control, adapter trimming, and read-length filtering, followed by taxonomic identification down to the species level using the expectation-maximization-based EMU bioinformatics pipeline. Microbial community diversity was statistically evaluated, encompassing alpha diversity via Shannon, Simpson, Observed Species, and Chao1 indices and beta diversity based on Bray-Curtis PCoA distance matrices, with statistical significance tested via PERMANOVA. The analysis demonstrated that sequencing successfully yielded high-quality data capable of profiling nasopharyngeal microbiota composition down to the species level. Alpha diversity analysis indicated variations in microbial communities across age groups, with older age groups tending to exhibit relatively higher and more stable diversity values. PERMANOVA testing of beta diversity confirmed the absence of significant differences in microbiota compositional structure between age groups. The relative abundance profile of taxa was dominated by the genera Streptococcus, Haemophilus, Moraxella, and Corynebacterium. This study provides molecular epidemiological insights into the microbial ecosystem of the pediatric respiratory tract. |
| Kata kunci | Anak <5 tahun, Keragaman Mikrobiota, Metagenomik 16S rRNA, Nasofaring, Oxford Nanopore Technologies. |
| Pembimbing 1 | Dr., Drs. Daniel Joko Wahyono, M.Biomed. |
| Pembimbing 2 | Dodi Safari, S.Si, Ph.D. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2026 |
| Jumlah Halaman | 112 |
| Tgl. Entri | 2026-07-23 12:23:39.364914 |