Artikel Ilmiah : A1D021048 a.n. DITA NUR FADILAH
| NIM | A1D021048 |
|---|---|
| Namamhs | DITA NUR FADILAH |
| Judul Artikel | DNA BARCODING TANAMAN SILVER VELVET BORNEO (Alocasia reginae L. Linden ex N.E.Br.) MENGGUNAKAN SEKUEN trnL-F DAN ITS |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Alocasia reginae L. Linden ex N.E.Br. (Silver Velvet Borneo) adalah salah satu spesies tanaman hias yang popular dari Araceae karena mempunyai nilai estetika tinggi sehingga cukup prospektif di bidang ekonomi. Seperti yang diketahui bahwa genetic database dari A. reginae di dalam NCBI masih terbatas. Oleh karena itu, diperlukan adanya teknik DNA barcoding untuk mengetahui karakteristik basa nukleotida suatu sekuen yang terkandung di dalam genom A. reginae. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1) mengetahui karakteristik profil sekuen DNA region trnL-F dari A. reginae; dan (2) mengetahui posisi A. reginae dalam pohon filogenetik berdasarkan region trnL-F yang dibandingkan dengan database NCBI. Manfaat dari penelitian ini meliputi: (1) mampu berperan sebagai dasar rujukan dalam upaya pemuliaan tanaman A. reginae berdasarkan karakteristik sekuen trnL-F; (2) mampu berkontribusi secara langsung terhadap perkembangan sistem klasifikasi A. reginae melalui penggunaan sekuen trnL-F; dan (3) mampu meningkatkan pengetahuan dan keterampilan penulis terkait pengaplikasian bioinformatika khususnya DNA barcoding guna mendukung upaya konservasi genetik tumbuhan di Indonesia. Penelitian DNA barcoding terhadap Alocasia reginae melibatkan berbagai tahapan meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis dan visualisasi fragmen DNA, sekuensing, dan analisis data. Proses analisis data didukung oleh penggunaan laman GenBank NCBI, software MEGA 12, dan laman MultAlin. Output yang dihasilkan dari analisis data meliputi komposisi basa nukleotida, jarak genetik, dan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa profil sekuen trnL-F pada genom A. reginae mempunyai panjang sekuen contig 402 bp dan 406 bp dengan komposisi basa nukleotidanya meliputi T(U) (35,01%), C (17,88%), A (30,98%), dan G (16,12%). Sampel A. reginae dengan A. nebula dan A. melo memiliki nilai jarak genetik 0 mengindikasikan tidak terdapat adanya variasi nukleotida yang terdeteksi pada lokus trnL-F di antara ketiga spesies tersebut. Hal tersebut menunjukkan bahwa sekuen trnL-F memiliki keterbatasan resolusi dalam mendiskriminasi tumbuhan pada tingkatan taksa spesies. Kata kunci: A. reginae, DNA barcoding, filogenetik. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Alocasia reginae L. Linden ex N.E.Br. (Silver Velvet Borneo) is a popular ornamental plant species from the Araceae family, renowned for its high aesthetic value, making it economically promising. However, the genetic database of A. reginae in NCBI remains limited. Therefore, DNA barcoding techniques are required to identify the nucleotide base characteristics of sequences within the A. reginae genome. This study aims to: (1) characterize the DNA sequence profile of the trnL-F region in A. reginae; and (2) determine the phylogenetic position of A. reginae based on the trnL-F region compared with the NCBI database. The significance of this research includes: (1) serving as a foundational reference for A. reginae breeding efforts based on trnL-F sequence characteristics; (2) directly contributing to the advancement of A. reginae classification systems through the use of the trnL-F sequence; and (3) Enhancing the author's knowledge and skills in bioinformatics applications, particularly DNA barcoding, to support plant genetic conservation in Indonesia. The DNA barcoding study of Alocasia reginae involves several stages, including DNA extraction, DNA amplification, electrophoresis and DNA fragment visualization, sequencing, and data analysis. The data analysis process is supported by the NCBI GenBank database, MEGA 12, and the MultAlin website. The outputs of the data analysis include nucleotide base composition, genetic distance, and phylogenetic trees. The results indicate that the trnL-F sequence profile in the A. reginae genome has a contig length of 402 bp and 406 bp, with a nucleotide composition of T(U) (35.01%), C (17.88%), A (30.98%), and G (16.12%). The genetic distance between A. reginae, A. nebula, and A. melo samples was 0, indicating no detectable nucleotide variation in the trnL-F locus among these three species. This suggests that the trnL-F sequence has limited resolution in discriminating plants at the species-level taxa. Keywords: A. reginae, DNA barcoding, phylogenetic. |
| Kata kunci | A. reginae, DNA barcoding, filogenetik |
| Pembimbing 1 | Prita Sari Dewi, S.P., M.Sc., Ph.D. |
| Pembimbing 2 | Ir. Joko Maryanto, M.Si. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2025 |
| Jumlah Halaman | 16 |
| Tgl. Entri | 2025-08-11 10:55:24.87245 |