Artikel Ilmiah : I1C021064 a.n. SEKHA SAFIRA
| NIM | I1C021064 |
|---|---|
| Namamhs | SEKHA SAFIRA |
| Judul Artikel | Stabilitas Pengikatan Senyawa Galangin pada Protein Target Akt-1 Menggunakan Metode Molecular Dynamics |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Latar Belakang : Akt-1 merupakan isoform penting dari Protein Kinase B yang mengatur kelangsungan hidup, proliferasi, dan metabolisme sel melalui jalur PI3K/Akt/mTOR. Dalam kondisi normal, aktivasinya bersifat terkontrol. Namun, mutasi seperti E17K atau overekspresi dapat menyebabkan aktivasi konstitutif, yang memicu pertumbuhan sel tidak terkendali dan berperan dalam perkembangan kanker, termasuk kanker payudara dan ovarium. Inhibitor seperti capivasertib memang efektif, namun memiliki risiko resistensi dan efek samping yang merugikan. Galangin, flavonoid alami, diketahui mampu meningkatkan rasio protein apoptosis Bax/Bcl-2 dengan berikatan Akt-1, sehingga berpotensi sebagai inhibitor Akt-1. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi stabilitas pengikatan galangin terhadap Akt-1 melalui simulasi molecular dynamics. Metodologi : Penelitian dilakukan secara in silico dengan molecular docking untuk memperoleh kompleks awal, lalu dilanjutkan dengan simulasi molecular dynamics menggunakan software YASARA. Parameter yang dianalisis meliputi RMSD, RMSF, radius of gyration, jumlah ikatan hidrogen, energi bebas ikatan (MM/PBSA), dan superimpose, dengan perbandingan terhadap ligan kontrol (capivasertib/0xz). Hasil Penelitian : Hasil molecular docking galangin menunjukkan afinitas pengikatan awal yang tinggi terhadap Akt-1 (−8,1 kkal/mol), hampir setara dengan ligan kontrol (−8,2 kkal/mol). Hasil molecular dynamics menunjukkan bahwa kompleks Akt1_Gal memiliki nilai RMSD dan RMSF lebih rendah, jumlah ikatan hidrogen lebih banyak, serta energi bebas ikatan yang lebih negatif (−38.351 kJ/mol) dibandingkan kompleks Akt1_0xz (−38.021 kJ/mol). Superimposisi menunjukkan bahwa galangin menjaga kestabilan struktur Akt-1 lebih baik daripada ligan kontrol. Kesimpulan : Galangin menunjukkan stabilitas pengikatan yang baik terhadap Akt-1 dan berpotensi dikembangkan sebagai inhibitor alternatif dalam terapi kanker berbasis penghambatan Akt-1. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Backgrounds: Akt-1, a key isoform of Protein Kinase B, regulates cell survival, proliferation, and metabolism via the PI3K/Akt/mTOR pathway. Under normal conditions, its activation is tightly regulated. However, mutations such as E17K or overexpression can cause constitutive activation, leading to uncontrolled cell growth and cancer progression, including breast and ovarian cancer. Although inhibitors such as capivasertib are effective, their use is associated with the risk of resistance and adverse side effects. Galangin, a natural flavonoid, has been shown to increase the Bax/Bcl-2 apoptotic protein ratio by binding to Akt-1, indicating its potential as an Akt-1 inhibitor. This study aims to evaluate the binding stability of galangin to Akt-1 through molecular dynamics simulation. Methodology: An in silico study was conducted, beginning with molecular docking to generate the initial ligand–protein complex, followed by molecular dynamics simulation using YASARA software. The analyzed parameters included RMSD, RMSF, radius of gyration, number of hydrogen bonds, binding free energy (MM/PBSA), and structural superimposition. Results were compared with the native ligand complexes (capivasertib/0xz). Results: Molecular docking of galangin revealed a strong initial binding affinity to Akt-1 (−8,1 kcal/mol), comparable to the native ligand (−8,2 kcal/mol). Molecular dynamics simulation indicated that the Akt1_Gal complex exhibited lower RMSD and RMSF values, a greater number of hydrogen bonds, and a more negative binding free energy (−38.351 kJ/mol) than the Akt1_0xz complex (−38.021 kJ/mol). Structural superimposition further demonstrated that galangin better preserved the conformational stability of Akt-1 compared to the native ligand. Conclusion: Galangin exhibits favorable binding stability to Akt-1 and holds potential as an alternative inhibitor in cancer therapy targeting the Akt-1 signaling pathway. |
| Kata kunci | Kanker, Akt-1, Galangin, Capivasertib |
| Pembimbing 1 | Dr. Muhamad Salman Fareza, S.Si., M.Si. |
| Pembimbing 2 | Lulu Setiyabudi, S.Si., M.Si |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2025 |
| Jumlah Halaman | 10 |
| Tgl. Entri | 2025-07-14 09:53:16.64687 |