Artikel Ilmiah : I1C017065 a.n. LUTHFIE ANDRIAN
| NIM | I1C017065 |
|---|---|
| Namamhs | LUTHFIE ANDRIAN |
| Judul Artikel | Studi Penambatan Molekuler Senyawa Andrografolid terhadap Protein LSD1 |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Latar Belakang: Talasemia adalah kelompok kelainan genetik heterogen yang dihasilkan dari penurunan sintesis alfa atau beta hemoglobin (Hb).Terapi talasemia dengan transfusi darah dirasa memberatkan pasien dikarenakan membutuhkan biaya yang mahal dan berdampak pada psikososial pasien. Andrografolid sendiri merupakan senyawa bioaktif utama yang berasal dari tanaman sambiloto (Andrographis Paniculata (Burm F) Ness.). Penelitian ini bertujuan untuk melihat hubungan interaksi antara senyawa andrografolid dengan protein LSD1 sebagai alternatif terapi penyakit talasemia. Metodologi: Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental yang dilakukan dalam dua tahap. Pertama, validasi metode yang terdiri dari pengunduhan struktur ligan (andrografolid) dan protein LSD1 (PDB ID: 6KGP), preparasi struktur dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul protein dengan ligan, penambatan kembali dengan ligan menggunakan AutoDock Vina. Kedua, penambatan molekuler senyawa andrografolid dengan protein LSD1 menggunakan koordinat hasil validasi yang valid dan visualisasi penambatan dengan menggunakan BIOVIA Discovery Studio. Hasil Penelitian: Energi ikatan terhendah antara senyawa andrografolid dan protein LSD1 adalah -4,703 kkal/mol. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji andrografolid yaitu Ile603, Ile615, Arg594, Gln592, dan Thr613. Kesimpulan: Senyawa andrografolid memiliki ikatan potensial dengan protein LSD1. Kata Kunci: talasemia, LSD1, andrografolid, penambatan molekuler |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Molecular Docking Study of Andrographolide Compound on LSD1 Protein Background: Thalassemia is a group of heterogeneous genetic disorders resulting from decreased alpha or beta hemoglobin (Hb) synthesis. Thalassemia therapy with blood transfusions is considered burdensome to the patient because it costs a lot of money and impacts the patient's psychosocial condition. Andrographolid is the primary bioactive compound derived from the Sambiloto plant (Andrographis paniculata (Burm F) Ness.). This study aims to look at the interaction relationship between andrographolide compounds and LSD1 proteins as an alternative to thalassemia therapy. Methods: This study is an experimental study conducted in two stages. First, validating the method consisting of downloading ligand structures (andrographolide) and LSD1 proteins (PDB ID: 6KGP), preparation of structures by removing water molecules and separating protein molecules with ligands, reassembling them with ligands using AutoDock Vina. Second, molecular andrographolide compounds with LSD1 proteins use valid validation result coordinates and visualization of the plant using the BIOVIA Discovery Studio. Result: The lowest binding energy between andrographolide and LSD1 proteins is -4.703 kcal/mol. The amino acid residues in LSD1 that contribute to binding of andrographolide test compounds are Ile603, Ile615, Arg594, Gln592, and Thr613. Conclusion: Andrographolid compounds have a potential bond with the LSD1 protein. Keywords: thalassemia, LSD1, andrographolide, molecular docking |
| Kata kunci | Talasemia, LSD1, andrografolid, penambatan molekuler |
| Pembimbing 1 | Dr. Muhamad Salman Fareza, S.Si., M.Si. |
| Pembimbing 2 | apt. Nur Amalia Choironi, M.Si. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2024 |
| Jumlah Halaman | 9 |
| Tgl. Entri | 2024-09-04 14:24:28.42057 |