Artikel Ilmiah : B1A019042 a.n. ANGGUN ISMI AKHIDAH
| NIM | B1A019042 |
|---|---|
| Namamhs | ANGGUN ISMI AKHIDAH |
| Judul Artikel | Perancangan Primer untuk Mendeteksi Gen E (Envelope) Virus Dengue menggunakan Metode RT-PCR |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Virus dengue (DENV) merupakan virus penyebab demam berdarah dengue (DBD) yang ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti. Gejala klinis yang ditimbulkan oleh infeksi DENV seringkali tidak spesifik sehingga membutuhkan pemeriksaan laboratorium sebagai penunjang diagnosis. Pemeriksaan secara molekuler menggunakan metode RT-PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi dini pada infeksi DENV karena dapat mendeteksi DENV pada fase awal infeksi. Gen penyandi E pada DENV memiliki cukup banyak bagian lestari yang membedakannya dari virus lainnya sehingga dapat digunakan sebagai bahan perancangan primer untuk mendeteksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui rancangan primer dari gen E yang dapat digunakan untuk mendeteksi DENV. Penelitian ini akan dilaksanakan di Laboratorium Genetika dan Molekuler Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman dan Balitbangkes Banjarnegara. Perancangan primer dilakukan menggunakan 40 sekuen whole genome dari GenBank yang dianalisis secara in silico menggunakan aplikasi Oligoanalyzer, NCBI BLASTn, dan SnapGene. Primer rancangan kemudian diaplikasikan pada sampel positif pasien infeksi DENV menggunakan metode RT-PCR. Efektivitas primer hasil rancangan diukur berdasarkan keberadaan pita gen E hasil dari amplifikasi. Hasil penelitian di analisis menggunakan uji Cohen’s Kappa. Perancangan primer secara in sillico menghasilkan sepasang primer, yaitu primer EF-1231 dengan sekuen 5’AGGCTGGGGAAAYGGYTGTG’3 dan primer ER-2187 dengan sekuen 5’CCACCCACTGATCCRAARTCCC’3. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 5 dari 10 sampel terdeteksi positif pada screening menggunakan metode RT-qPCR. Sebanyak 5 dari 10 sampel terdeteksi positif menggunakan metode RT-PCR konvensional dengan primer hasil rancangan. Nilai koefisien Cohen’s Kappa antara metode RT-qPCR dengan RT-PCR sebesar 0,60 (moderate agreement) yang menunjukkan adanya kesesuaian yang cukup baik antara kedua metode tersebut. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Dengue virus (DENV) is the virus that causes dengue hemorrhagic fever (DHF) and is transmitted through the bite of Aedes aegypti mosquitoes. Clinical symptoms caused by DENV infection are often nonspecific, thus requiring laboratory tests to support diagnosis. Molecular testing using the RT-PCR method can be used as an early detection method for DENV infection because it can detect DENV in the early phase of infection. The E encoding gene in DENV has enough conserved regions that differentiate it from other viruses, making it suitable for primer design to detect DENV. This research aims to determine the primer design of the E gene that can be used to detect DENV. The research will be conducted at the Genetics and Molecular Laboratory of the Faculty of Biology, Jenderal Soedirman University, and the Banjarnegara Health Research and Development Center. The primer design was carried out using 40 whole genome sequences from GenBank, analyzed in silico using Primer3, Oligoanalyzer, NCBI BLAST, and SnapGene applications. The designed primers were then applied to positive samples from DENV infected patients using the RT-PCR method. The effectiveness of the designed primer was measured based on the presence of E gene bands resulting from amplification. The research results were analyzed using Cohen's Kappa test. Primer design in silico resulted in a pair of primers, namely primer EF-1231 with the sequence 5’AGGCTGGGGAAAYGGYTGTG’3 and primer ER-2187 with the sequence 5’CCACCCACTGATCCRAARTCCC’3. The research results indicate that 5 out of 10 samples tested positive in the screening using the RT-qPCR method. Additionally, 5 out of 10 samples tested positive using the conventional RT-PCR method with the designed primers. The Cohen's Kappa coefficient value between the RT-qPCR and RT-PCR methods is 0.60 (indicating moderate agreement), suggesting fairly good agreement between the two methods. |
| Kata kunci | DENV, in silico, Primer, RT-PCR, Virus |
| Pembimbing 1 | Dr.rer.nat. Saefuddin Aziz, S.Si., M.Si. |
| Pembimbing 2 | Dwi Priyanto, S.Si., M.Sc. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2024 |
| Jumlah Halaman | 8 |
| Tgl. Entri | 2024-06-11 08:59:37.07134 |