| NIM | B1A019039 |
|---|
| Namamhs | REGITA CAHAYA SARI |
|---|
| Judul Artikel | PERANCANGAN PRIMER UNTUK MENDETEKSI GEN PENYANDI PROTEIN NOSTRUKTURAL 3 (NS3) VIRUS DENGUE DAN APLIKASINYA MENGGUNAKAN METODE RT-PCR |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Demam Berdarah Dengue (DBD) merupakan penyakit demam akut yang disebabkan oleh virus Dengue. Infeksi Dengue menimbulkan gejala sulit dibedakan dengan infeksi demam akut lainnya pada manusia dan dapat bermanifestasi menjadi gejala yang lebih parah bahkan kematian jika tidak didiagnosis dengan benar. Metode RT-PCR dengan menggunakan sepasang primer spesifik telah banyak dikembangkan untuk mendeteksi DENV. Perancangan primer untuk mendeteksi DENV menggunakan gen penyandi protein NS3 belum banyak dilaporkan. Protein NS3 merupakan protein yang berperan penting dalam proses replikasi virus dan memiliki daerah lestari paling tinggi antar serotipe DENV. Tujuan penelitian ini yaitu mendapatkan sekuens primer yang potensial untuk mendeteksi gen penyandi protein nonstruktural 3 (NS3) virus Dengue dan mengetahui efektivitas primer hasil rancangan terhadap sampel klinis demam berdarah menggunakan metode RT-PCR. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survei dengan melakukan pencarian data sekuens gen NS3 dari database NCBI. Hasil perancangan primer yang diperoleh pada penelitian ini yaitu primer forward DenVNS3F (5’-CGAGTAGGAATGGGWGARGCAGC-3’) dan primer reverse DenVNS3R (5’-CTGTCCAGTGAGCRYGGTCTT-3’). Primer hasil rancangan efektif untuk mendeteksi gen NS3 virus Dengue pada sampel pasien demam berdarah dengan tingkat kecocokan moderate agreement terhadap hasil screening menggunakan primer komersial real-time RT-PCR (K= 0,60). Nilai tersebut menunjukkan adanya kesesuaian antara hasil primer rancangan dengan dengan hasil primer komersial, namun memiliki tingkat kepercayaan yang masih rendah. Hasil penelitian ini perlu dilanjutkan ke tahap sekuensing untuk mengkonfirmasi sekuens dari pita hasil amplifikasi yang terbentuk. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) is an acute febrile illness caused by Dengue virus (DENV). Dengue infection may lead to undifferentiated symptoms with other acute febrile illnesses in humans and can cause more severe symptoms if not diagnosed accurately. RT-PCR method using a specific primer has been developed for the detection of DENV. Primer design for detecting DENV using the NS3 gene has not been reported. NS3 is a protein that has an important role in virus replication and has the highest conserved region between DENV serotype. This study aimed to determine potential primer sequences for detecting the NS3 gene in Dengue virus and to determine the level of effectiveness of the designed primers in dengue clinical samples using the RT-PCR method. This research was conducted using a survey method by searching for NS3 gene sequences from the NCBI. The results of primer design in this study were forward primer DenVNS3F (5’-'CGAGTAGGAATGGGWGARGCAGC-3') and reverse primer DenVNS3R (5’-CTGTCCAGTGAGCRYGGTCTT-3'). The designed primers were effective for detecting the NS3 gene of Dengue virus in dengue clinical samples with a moderate level of agreement with the screening results using real-time RT-PCR (K= 0,60). This value shows that there is agreement between the designed primer results and the commercial primer results, although the level of confidence is still relatively low. This research needs to be continued to the sequencing stage to confirm the sequence of the amplified band. |
|---|
| Kata kunci | demam berdarah, gen NS3, primer, RT-PCR, virus Dengue |
|---|
| Pembimbing 1 | Dr.rer.nat. Saefuddin Aziz, S.Si., M.Si. |
|---|
| Pembimbing 2 | Dwi Priyanto, S.Si., M.Sc. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2024 |
|---|
| Jumlah Halaman | 14 |
|---|
| Tgl. Entri | 2024-05-28 13:13:34.880874 |
|---|