| NIM | B1A020100 |
|---|
| Namamhs | AULIA RAHMAH |
|---|
| Judul Artikel | Penggunaan Marka Molekuler trnT(UGU) - trnL(UAA) untuk Mendeteksi Perbedaan Genetik Beberapa Kultivar Tanaman Tapak Dara [Catharanthus roseus (L.) G. Don] |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Tapak dara [Catharanthus roseus (L.) G. Don] merupakan salah satu anggota Familia Apocynaceae yang berasal dari Pulau Madagaskar. C. roseus pada umumnya dimanfaatkan sebagai tanaman hias dan juga tanaman obat. Saat ini dikenal sejumlah kultivar C. roseus, yang mendorong perlunya dilakukan analisis perbedaan genetik di antara beberapa kultivar tersebut menggunakan marka molekuler tertentu. Oleh karena itu, akan dilakukan penelitian dengan tujuan untuk mengetahui ada tidaknya perbedaan genetik di antara beberapa kultivar C. roseus berdasarkan sekuen IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) dan hubungan filogenetik di antara beberapa kultivar C. roseus. Penelitian dilakukan di Laboratorium Genetika dan Molekuler serta Laboratorium Pengajaran III Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman menggunakan 10 sampel C. roseus yang mewakili beberapa kultivar C. roseus yang berbeda. DNA genomik diekstraksi dari masing-masing sampel tersebut menggunakan metode CTAB untuk selanjutnya digunakan sebagai templat PCR untuk mengamplifikasi IGS trnT(UGU)-trnL(UAA). Produk amplifikasi yang diperoleh kemudian ditentukan sekuen basanya menggunakan metode dideoksi yang diotomatisasi. Hasil sekuensing disunting menggunakan piranti lunak BioEdit, penjajaran sekuen dilakukan menggunakan Program ClustalW, melakukan perbandingan dengan data sekuen yang ada di pangkalan data NCBI, kemudian dendogram hubungan filogenetik antarhaplotipe kultivar C. roseus dikonstruksi menggunakan analisis Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, dan UPGMA yang diimplementasikan dalam Program MEGA versi 11. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuen IGS trnT(UGU)-trnL(UAA) pada beberapa kultivar C. roseus memperlihatkan ukuran yang bervariasi dan semuanya memiliki tingkat similaritas yang tinggi dengan sekuen genom kloroplas C. roseus kultivar Pacifica Halo yang ada di pangkalan data NCBI. Konstruksi pohon filogenetik menunjukkan adanya hubungan kekerabatan genetik yang dekat di antara seluruh kultivar C. roseus. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Madagascar periwinkle [Catharanthus roseus (L.) G. Don] is a member of the Family of Apocynaceae originating from Madagascar Island. C. roseus is commonly utilized as both an ornamental plant and medicinal herb. Currently, several cultivars of C. roseus are known, prompting the need for genetic analysis among these cultivars using specific molecular markers. Therefore, a study has been conducted with the aim of determining the presence of genetic differences among various C. roseus cultivars based on the trnT(UGU)-trnL(UAA) IGS sequence and elucidating the phylogenetic relationships among these cultivars using these molecular markers. The study was carried out at the Genetics and Molecular Laboratory and Teaching Laboratory III of the Faculty of Biology, Jenderal Soedirman University by using 10 samples of C. roseus representing some different cultivars. Genomic DNA was extracted from each sample using the CTAB method and subsequently used as a PCR template to amplify trnT(UGU)-trnL(UAA) IGS. The obtained amplification products were then sequenced using automated dideoxy sequencing. The sequencing results were edited using BioEdit software, sequence alignment was performed using the ClustalW program, blasting was made with the sequence data available in the NCBI database, then dendrogram depicting the phylogenetic relationships of C. roseus cultivars was constructed using Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, and UPGMA analyses implemented in MEGA software version 11. The results indicate that the sequence of the trnT(UGU)-trnL(UAA) IGS varies among different C. roseus cultivars and all exhibit high similarity with that of chloroplast genome of the C. roseus cultivar Pacifica Halo available in the NCBI database. The construction of a phylogenetic tree demonstrates a close genetic relationship among all C. roseus cultivars. |
|---|
| Kata kunci | perbedaan genetik, tapak dara, trnT(UGU)-trnL(UAA) |
|---|
| Pembimbing 1 | Prof. Dr. Agus Hery Susanto, M.S. |
|---|
| Pembimbing 2 | Prof. Dr. Murni Dwiati, M.Si. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2024 |
|---|
| Jumlah Halaman | 7 |
|---|
| Tgl. Entri | 2024-02-02 09:37:14.287603 |
|---|