Artikel Ilmiah : I1C019070 a.n. FEBRIAN FAISAL AZIZ
| NIM | I1C019070 |
|---|---|
| Namamhs | FEBRIAN FAISAL AZIZ |
| Judul Artikel | Analisis Bioinformatika dan Molecular Docking Senyawa Cucurbitacin E Sebagai Antikanker pada Colon Cancer Stem Cells (CCSCs) |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Latar Belakang : CCSCs merupakan CSC yang terdapat pada kolon. Keberadaan CCSCs ditandai munculnya ekspresi gen, gen yang diketahui salah satunya dari reseptor GPCR seperti GNAI2, GNAI1, GNAQ, GNAI3, GNB1, GNAT3, dan GNB3. Senyawa cucurbitacin E mempunyai potensi bioaktifitas sebagai antikanker terhadap CCSCs. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa cucurbitacin E sebagai penghambat pada gen yang terlibat pada CCSCs secara in silico menggunakan penambatan molekuler. Metodologi : Analisis bioinformatika menggunakan STITCH, STRING untuk mencari target protein cucurbitacin E. Target potensial cucurbitacin E dianalisis menggunakan Venny 2.1. WebGestalt digunakan untuk mendapatkan informasi terkait ontologi gen, jalur KEGG, dan asosiasi obat serta diolah menggunakan Cytoscape untuk mendapatkan top 10 hub gene. Analisis molecular docking menggunakan AutoDock Tools, PyMol, AutoDock Vina untuk mendapatkan energi ikatan dan divisualisasikan menggunakan DS Biovia. Hasil Penelitian : Hasil analisis bioinformatika didapatkan top 10 hub gene yaitu GNAI2, GNAI1, GNAQ, GNAI3, GNB1, MAPK3, GNAT3, RGS20, GNB3 dan RGS17. Analisis molecular docking senyawa cucurbitacin E terhadap GNB1 menghasilkan energi ikatan namun tidak lebih baik daripada ligan natif. Selain itu, cucurbitacin E juga mengikat residu asam amino pada sisi aktif protein. Kesimpulan : Target protein cucurbitacin E terhadap colon cancer stem cells yaitu pada protein GNB1 yang memiliki nilai energi ikatan namun tidak lebih baik daripada ligan natifnya. Kata kunci : Cucurbitacin E, Bioinformatika, Molecular Docking, Sel induk kanker kolon, Protein GNB1. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Background : CCSCs are CSCs found in the colon. The existence of CCSCs is characterized by the emergence of gene expression, genes known one of which is from GPCR receptors such as GNAI2, GNAI1, GNAQ, GNAI3, GNB1, GNAT3, and GNB3. Cucurbitacin E compounds have potential bioactivity as anticancer against CCSCs. This study aims to determine the potential of cucurbitacin E compounds as inhibitors in genes involved in CCSCs in silico using molecular docking. Methods : Bioinformatic analysis using STITCH, STRING, and Swisstargetprediction to search for cucurbitacin E protein targets. Cucurbitacin E potential target were analyzed using Venny 2.1. WebGestalt was used to obtain information related to gene ontology, KEGG pathways, and drug associations and was processed using Cytoscape to obtain the top 10 hub genes. Molecular docking analysis using, AutoDock Tools, PyMol, AutoDock Vina to obtain bond energy and visualized using DS Biovia. Results : The results of bioinformatics analysis showed that the top 10 hub genes were GNAI2, GNAI1, GNAQ, GNAI3, GNB1, MAPK3, GNAT3, RGS20, GNB3 and RGS17. Analysis of molecular docking of cucurbitacin E compounds against GNB1 yielded bond energy but was no better than native ligands. In addition, cucurbitacin E also binds to amino acid residues on the active side of proteins. Conclusion : The target of cucurbitacin E protein against colon cancer stem cells is the GNB1 protein which has binding energy value but is not better than its native ligand. Keywords : Cucurbitacin E, Bioinformatics, Molecular Docking, Colon Cancer Stem Cells, GNB1 Protein. |
| Kata kunci | Cucurbitacin E, Bioinformatika, Molecular Docking, Sel induk kanker kolon, Protein GNB1. |
| Pembimbing 1 | Dr. Muhamad Salman Fareza, M.Si |
| Pembimbing 2 | Dr. apt. Sarmoko, M.Sc |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2023 |
| Jumlah Halaman | 11 |
| Tgl. Entri | 2023-07-13 13:06:20.703093 |