Artikel Ilmiah : I1C019035 a.n. WENING ETIKAWATI PRAMANA
| NIM | I1C019035 |
|---|---|
| Namamhs | WENING ETIKAWATI PRAMANA |
| Judul Artikel | ANALISIS BIOINFORMATIKA DAN MOLECULAR DOCKING SENYAWA GALANGIN PADA KANKER KOLOREKTAL |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Latar Belakang: Kanker kolorektal merupakan salah satu penyebab kematian tertinggi akibat kanker. Pengobatan kanker kolorektal memiliki keterbatasan seperti kelarutan obat yang buruk, resistensi obat, dan penargetan obat tidak spesifik. Oleh karena itu, dilakukan eksplorasi senyawa yang berpotensi sebagai antikanker. Galangin diketahui memiliki efek antikanker pada sel kanker kolorektal HCT-15 dan HT-29 setelah diuji secara in-vitro. Penelitian in-silico ini dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui target molekuler, energi dan jenis ikatan galangin pada kanker kolorektal. Metodologi: Penelusuran gena target dilakukan dengan menggunakan NCBI, STITCH, STRING, dan PDB. DTP dan ITP dibandingkan dengan gena pada kanker kolorektal. Dicari top 10 hub gene menggunakan cytoscape untuk dilakukan docking. Validasi docking dilakukan dengan pymol untuk mengetahui RMSD dan docking menggunakan autodock vina untuk mengetahui energi ikatan dan divisualisasikan menggunakan Biovia. Hasil Penelitian: Target potensial kanker kolorektal dari galangin adalah AKT1, VEGFA, FN1, CYP1A1, MMP2, CYP1A2, SRC, STAT3, TGFB1, dan HGF. Protein AKT1 dan SRC merupakan target potensial untuk penambatan dengan RMSD <2Å. Docking memberikan hasil bahwa SRC berpotensi sebagai target dari galangin karena memiliki energi ikatan yang lebih rendah dari kontrol positif yaitu -8,4 kkal/mol dengan mengikat residu asam amino Lys295. Kesimpulan: Galangin pada kanker kolorektal berpotensi sebagai antikanker kolorektal dengan menargetkan protein SRC. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Background: Colorectal cancer is one of the leading causes of cancer death. Colorectal cancer treatment shows limitations such as poor drug solubility, drug resistance, and non-specific drug targeting. Therefore, an exploration of potential compounds as anticancer was carried out. Galangin is known to have anticancer effects in colorectal cancer cells HCT-15 and HT-29 after being tested through an in-vitro. In-silico research was conducted with the aims to knowing molecular targets, energy and types of galangin bonds in colorectal cancer. Methodology: Target genes search were performed using PubMed, STITCH, STRING, and PDB. DTP and ITP were compared with genes in colorectal cancer. Top 10 hub genes were searched using cytoscape for docking. Docking validation using pymol to find the RMSD and docking using Autodock vina to determine bond energy and visualized with Biovia. Results: Colorectal cancer potential targets of galangin are AKT1, VEGFA, FN1, CYP1A1, MMP2, CYP1A2, SRC, STAT3, TGFB1, and HGF. AKT1 and SRC are potential proteins for docking with RMSD <2Å. Docking showed that SRC is potential target of galangin because it has lower binding energy than the positive control which is -8,4 kcal/mol by binding to amino acid residue Lys295 Conclusion: Galangin in colorectal cancer potential as an anticancer by targeting SRC protein. |
| Kata kunci | colorectal cancer, galangin, anticancer, bioinformatic, molecular docking |
| Pembimbing 1 | apt. Nur Amalia Choirono, M.Si. |
| Pembimbing 2 | Dr. apt. Sarmoko, M.Sc |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2023 |
| Jumlah Halaman | 11 |
| Tgl. Entri | 2023-05-15 17:26:14.172304 |