| NIM | I1C018017 |
|---|
| Namamhs | VIKA APRILIA |
|---|
| Judul Artikel | Studi Potensi Senyawa Aktif Dari Bahan Alam Sebagai Inhibitor Kinase Insert Domain Receptor Secara In Silico |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | KDR/VEGFR-2 memainkan peran penting dalam angiogenesis di lingkungan mikro tumor pada kanker payudara. Senyawa aktif bahan alam dilaporkan memiliki aktivitas sitotoksik. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui senyawa aktif dari bahan alam yang paling berpotensi sebagai inhibitor KDR/VEGFR-2 berdasarkan hasil penambatan molekuler dan aturan Lipinski, sehingga dapat dikembangkan sebagai kandidat obat baru. Preparasi protein dan ligan menggunakan Autodock Tools dalam format pdb dan pdbqt, menambatkan kembali protein dan ligan natif menggunakan Autodock Vina dan dihitung nilai RMSD menggunakan aplikasi Pymol, penambatan molekul senyawa aktif bahan alam dan senyawa kontrol terhadap protein untuk mendapatkan energi ikatan dan visualisasi hasil penambatan menggunakan BIOVIA Discovery Studio untuk melihat jenis interaksi yang terjadi. Selanjutnya uji aturan Lipinski dilakukan menggunakan website SCFBio. Kurkumin menghasilkan nilai energi ikatan terendah sebesar -9,9 kkal/mol, sementara senyawa kontrol sunitinib sebesar -9,4 kkal/mol. Pada visualisasi penambatan, terjadi interaksi hidrogen dan interaksi hidrofobik pada senyawa kurkumin dengan melibatkan asam amino Cys919 yang diketahui merupakan sisi aktif dari protein KDR/VEGFR-2. Senyawa kurkumin memenuhi 5 syarat aturan Lipinski dengan berat molekul 368 Da, 2 ikatan hidrogen donor, 6 ikatan hidrogen akseptor, molar refractivity sebesar 102,016 dan nilai logP sebesar 3,369. Senyawa kurkumin berpotensi sebagai inhibitor KDR/VEGFR-2 dan memiliki prediksi sifat fisikokimia yang baik dan berpotensi untuk dikembangkan sebagai senyawa inhibitor KDR secara oral. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | KDR/VEGFR-2 plays an essential role in angiogenesis in the tumor microenvironment in breast cancer. The active compounds of natural ingredients are reported to have cytotoxic activity. This study aims to determine the active compounds from natural ingredients that have the most potential as KDR/VEGFR-2 inhibitors based on the results of molecular docking and Lipinski rules so that they can be developed as new drug candidates. Protein and ligand preparation using Autodock Tools in PDB and pdbqt file formats, reattaching proteins with native ligands using Autodock Vina, and calculating the RMSD value using the Pymol application, anchoring molecules of natural active compounds and control compounds against proteins to obtain binding energy and visualization of the results of the tethering using BIOVIA Discovery Studio to see the type of interaction that occurs. Furthermore, the Lipinski rule test was carried out using the SCFBio website. Curcumin produced the lowest bond energy value of -9.9 kcal/mol, while the control compound sunitinib was -9.4 kcal/mol. In the visualization of the moorings, hydrogen interactions and hydrophobic interactions occur in curcumin compounds involving the amino acid Cys919 which is the active site of the KDR/VEGFR-2 protein. The curcumin compound fulfills the 5 requirements of Lipinski's rule with a molecular weight of 368 Da, 2 donor hydrogen bonds, 6 acceptor hydrogen bonds, a molar refractivity of 102,016, and a logP value of 3,369. Curcumin compounds have the potential as inhibitors of KDR/VEGFR-2 and have good predictions of physicochemical properties and may be developed as an oral KDR inhibitor compound |
|---|
| Kata kunci | Senyawa aktif, KDR/VEGFR-2, penambatan molekul, Lipinski |
|---|
| Pembimbing 1 | apt. Nur Amalia Choironi, M. Si., |
|---|
| Pembimbing 2 | Dr. apt. Sarmoko, M. Sc., |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2022 |
|---|
| Jumlah Halaman | 11 |
|---|
| Tgl. Entri | 2022-08-18 00:50:53.441921 |
|---|