| NIM | B1B018029 |
|---|
| Namamhs | ADHELIA INTAN PURNAMASARI |
|---|
| Judul Artikel | DETECTION OF VARIANTS COVID-19 FROM PURWOKERTO, BANYUMAS, CENTRAL JAVA |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Pada Desember 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), yang disebabkan oleh virus dari Wuhan, provinsi Hubei, menjadi penyakit menular saat ini. Diindikasikan sebagai pandemi oleh WHO pada 11 Maret 2020, COVID-19 bermutasi dengan penularan yang cepat dan memiliki angka kematian yang tinggi. Pada 21 Maret 2020, kasus pertama COVID-19 di Purwokerto dikonfirmasi oleh Bupati Banyumas, Achmad Husein. Berdasarkan situasi tersebut, penting untuk mengetahui variasi genetik karena belum ada laporan rinci tentang penyebaran variasi genetik di Purwokerto, Banyumas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memahami varian penyebaran COVID-19 di Purwokerto, Banyumas, Jawa Tengah. Penelitian ini dilakukan dengan ekstraksi sampel menggunakan protokol Astrabiotech, diamplifikasi menggunakan qRT-PCR dan Whole Genome Sequencing, kemudian hasilnya disimpan pada Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Genom dari sampel diidentifikasi menggunakan PANGOLIN v3.1.16 dengan PangoLEARN versi v1.2.105 dan pohon filogeni (Maximum Likelihood; GTR+F+I) yang dibuat menggunakan PhyML dari NGPhylogeny dengan menggunakan MAFFT dan 1000 bootstrap ulangan. Hasil penelitian ini menemukan bahwa sebagian besar genom sampel yang dikumpulkan merupakan varian Delta atau keturunan B.1.617.2 (64,3%), AY.23 (77,78%) dan AY.24 (22,22%); B.1.466.2 (7,14%); B.1.459 (7,14%); B.1.111 (7,14%) dan B.1.36.19 (7,14%). Satu virus (hCoV-19/Indonesia/JT-BMS-LIPI-Unsoed-015/2021) dikategorikan tidak terklasifikasi berdasarkan PANGOLIN tetapi diidentifikasi sebagai garis keturunan B.1 (7,14%). Sampel dalam penelitian ini dapat diklasifikasikan menjadi GK (64,3%), GH (28,57%), dan O (7,14%). |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | In December 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), caused by the virus existed in Wuhan, Hubei province is occurring infectious disease nowadays. It was indicated as a pandemic by the WHO on March 11, 2020. COVID-19 was mutated quickly with rapid transmission and had high mortality number. On March 21, 2020, the first COVID-19 case in Purwokerto was confirmed by the Regent of Banyumas, Achmad Husein. Based on the situation, it is important to know the genetic variation because there has been no detailed report on which genetic variation spreads in Purwokerto, Banyumas. Therefore, this study aims to understand the variant of COVID-19 spreading in Purwokerto, Banyumas, Central Java. This research was conducted by samples extraction using the Astrabiotech protocol, amplified using qRT-PCR and Whole Genome Sequencing (WGS), then the result was deposited on Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). The SARS-CoV-2 lineages genomes were identified using PANGOLIN v3.1.16 with designated pangoLEARN version v1.2.105 and the phylogenomic tree (Maximum Likelihood; GTR+F+I evolutionary model) built using PhyML from the NGPhylogeny by employing MAFFT and 1000 bootstrap replications. The result of this research found that the majority of genomes of samples collected belonged to Delta variants or B.1.617.2 descendant (64,3%); B.1.466.2 (7.14%); B.1.459 (7.14%); B.1.111 (7.14%), B.1.36.19 (7.14%) and unclassified based on PANGOLIN but identified as B.1 lineage (7.14%). In this study, the Delta variants include the lineage from AY.23 (77,78%) and AY.24 (22,22%) lineage. |
|---|
| Kata kunci | COVID-19, genetic variant, Purwokerto, Whole-genome sequencing (WGS) |
|---|
| Pembimbing 1 | Prof. Endang Srimurni Kusmitarsih., S.U., Ph.D. |
|---|
| Pembimbing 2 | Dr. Daniel Joko Wahyono, M.Biomed. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2022 |
|---|
| Jumlah Halaman | 17 |
|---|
| Tgl. Entri | 2022-07-25 17:40:59.461107 |
|---|