| NIM | B1A018112 |
|---|
| Namamhs | TALITA ADE NOVITA DEWI |
|---|
| Judul Artikel | KEANEKARAGAMAN GENETIK ALANG-ALANG (Imperata cylindrica (L.) Raeusch) DI PULAU JAWA BERDASARKAN MARKA PENYELA INTERGENIK psbA-trnH |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Alang-alang (Imperata cylindrica (L.) Raeusch) merupakan spesies tumbuhan liar yang terdistribusi secara luas di berbagai wilayah tropis dan subtropis. Walaupun di antara alang-alang dari berbagai tempat terdapat kesamaan morfologi yang sangat tinggi, persebarannya yang begitu luas dapat berpengaruh terhadap keanekaragaman genetiknya. Analisis keanekaragaman genetik alang-alang dapat dilakukan menggunakan penanda atau marka molekuler tertentu yang memperlihatkan laju mutasi tinggi. Salah satu di antaranya adalah daerah penyela intergenik atau intergenic spacer (IGS) psbA-trnH yang terdapat pada genom kloroplas (cpDNA). Hasil studi keanekaragaman genetik alang-alang dapat dimanfaatkan sebagai dasar penyusunan strategi pengelolaan dan pemanfaatannya. Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengetahui keanekaragaman genetik alang-alang di Pulau Jawa berdasarkan marka IGS psbA-trnH dan (2) mengetahui hubungan kekerabatan alang-alang di Pulau Jawa berdasarkan marka tersebut. Metode pengambilan sampel alang-alang dilakukan secara acak di berbagai tempat di Pulau Jawa, yaitu Purwokerto, Pantai Jetis Cilacap, Purworejo, Yogyakarta, dan Ponorogo. Prosedur kerja yang dilakukan terdiri atas ekstraksi DNA genomik, amplifikasi IGS psbA-trnH, dan sekuensing IGS psbA-trnH. Data sekuen IGS psbA-trnH dianalisis menggunakan piranti lunak DnaSP untuk mendapatkan nilai keanekaragaman haplotipe (h) dan keanekaragaman nukleotida (π), serta untuk memperoleh hubungan filogenetik antarindividu. Hasil penelitian menunjukkan alang-alang di Pulau Jawa memiliki keanekaragaman genetik yang tinggi dengan nilai keanekaragaman haplotipe (h) sebesar 1 dan keanekaragaman nukleotida (π) sebesar 0,00658. Meskipun demikian, di antara masing-masing individu alang-alang terdapat hubungan kekerabatan yang dekat dengan nilai jarak genetik yang rendah. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Reed (Imperata cylindrica (L.) Raeusch) is a wild plant species widely distributed throughout various tropical and subtropical regions. Although very high morphological similarities are observed among reeds from different places, the wide distribution may affect their genetic diversity. Analysis on the genetic diversity of reed can be done using particular molecular markers showing high mutation rate, one of which is psbA-trnH intergenic spacer (IGS) that is found in the chloroplast genome (cpDNA). Such a study can be the basis for management strategy of both controlling and utilizing reed. The aims of this study are (1) to determine the genetic diversity of reed in Java based on psbA-trnH IGS and (2) to determine genetic relationship of reed in Java based on the marker. Plant samples were taken randomly from several places in Java, namely Purwokerto, Jetis Beach, Purworejo, Yogyakarta, and Ponorogo. The procedures consisted of genomic DNA extraction, amplification of psbA-trnH IGS, and sequencing of psbA-trnH IGS. The psbA-trnH IGS sequences were analyzed using DnaSP software to calculate haplotypes diversity (h) and nucleotide diversity (π), and to construct phyilogenetic tree among individuals. The result showed that reed population in Java had a high genetic diversity with haplotypes diversity (h) and nucleotide diversity (π) of 1 and 0.00658 respectively. Nevertheless, very close genetic relationship among individuals were observed with low genetic distance values. |
|---|
| Kata kunci | alang-alang, keanekaragaman genetik, psbA-trnH, Pulau Jawa |
|---|
| Pembimbing 1 | Prof. Dr. Agus Hery Susanto, M.S. |
|---|
| Pembimbing 2 | Dr. Murni Dwiati, M.Si. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2022 |
|---|
| Jumlah Halaman | 12 |
|---|
| Tgl. Entri | 2022-04-22 14:14:41.94205 |
|---|