| NIM | A1D116070 |
|---|
| Namamhs | SHAFA WIDAD ZAHRANI |
|---|
| Judul Artikel | ANALISIS KERAGAMAN GENETIK AKSESI PADI LIAR (ORYZA SPP.) MENGGUNAKAN MARKA MOLEKULER |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Padi liar (Oryza spp.) merupakan kerabat padi budidaya (Oryza sativa) dengan karakter morfologis yang spesifik dan memiliki keragaman genetik yang potensial untuk pemuliaan padi. Keragaman genetik berperan penting dalam pemuliaan tanaman karena informasi dan pemahaman tentang keragaman genetik dapat membantu keberhasilan program pemuliaan tanaman. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi karakter setiap aksesi padi liar menggunakan marka mikrosatelit dan Sequence Tagged Sites (STS) serta mengidentifikasi hubungan kekerabatan antar aksesi padi liar menggunakan marka mikrosatelit dan Sequence Tagged Sites (STS). Marka mikrosatelit atau Simple Sequence Repeat (SSR) paling banyak digunakan untuk analisis keragaman genetik terutama untuk menentukan tingkat heterozigositas. Daun tanaman padi liar diambil dan dikoleksi untuk isolasi DNA. DNA padi liar diisolasi dengan metode Doyle dan Doyle (1990). DNA padi liar diamplifikasi menggunakan 3 penanda SSR. Pita DNA diskoring secara biner. Data biner dari penanda SSR dianalisis nilai Polymorphism Information Content (PIC), jumlah alel, frekuensi alel, diversitas gen, dan heterozigositas dengan perangkat PowerMaker. Hubungan antar aksesi dianalisis menggunakan perangkat NTSYS 2.1. Principal Coordinates Analysis (PCoA) dianalisis menggunakan perangkat XLSTAT Trial 2020. Hasil dari analisis keragaman genetik 82 aksesi padi liar menunjukkan bahwa koefisien kesamaan genetik sebesar 0,44 berdasarkan 3 penanda SSR. Terbentuk tiga klaster utama pada penelitian ini. Klaster pertama terdiri dari 69 genotipe, klaster kedua terdiri dari 8 genotipe, dan klaster ketiga terdiri dari 5 genotipe. Seluruh penanda SSR dan STS yang digunakan bersifat sangat informatif karena memiliki nilai PIC > 0,5, sehingga mengestimasi keragaman genetik antargenotipe padi liar. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Wild rice (Oryza spp.) is a relative of cultivated rice (Oryza sativa) with specific morphological characters and has a genetic potential for rice breeding. Genetic diversity has an important role in plant breeding because the information and understanding of it can help the success of plant breeding programs. The purpose of this study was to identify the character of each wild rice accession using microsatellite markers and Sequence Tagged Sites (STS) and identify the relationship between wild rice accessions using microsatellite markers and Sequence Tagged Sites (STS). Microsatellite or Simple Sequence Repeat (SSR) is the most widely used marker for genetic diversity analysis, especially to determine the level of heterozygosity. Leaves sample of wild rice plants were taken and collected for DNA isolation. Wild rice DNA was isolated using of Doyle and Doyle method (1990). Wild rice DNA was amplified using 3 SSR markers. DNA bands were scored as binary. Binary data from SSR markers then were analyzed for calculating Polymorphism Information Content (PIC), number of alleles, allele frequency, gene diversity, and heterozygosity using PowerMaker software. Relatedness among accessions were analyzed using NTSYS 2.1. Principal Coordinates Analysis (PCoA) was analyzed using the XLSTAT Trial 2020. The results from the genetic diversity analysis of 82 wild rice accessions showed that the genetic similarity coefficient was 0.44 based on 3 SSR. Three main clusters were formed in this study. The first cluster consisted of 69 genotypes, the second cluster consisted of 8 genotypes, and the third cluster consisted of 5 genotypes. All SSR and STS markers used are very informative because it has a PIC value > 0.5, thus estimating genetic diversity among wild rice genotypes. |
|---|
| Kata kunci | Keragaman Genetik, Padi Liar, PIC |
|---|
| Pembimbing 1 | Prita Sari Dewi, S.P., M.Sc., Ph.D |
|---|
| Pembimbing 2 | Reflinur, S.P., M.Si., Ph.D |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2022 |
|---|
| Jumlah Halaman | 19 |
|---|
| Tgl. Entri | 2022-01-11 16:31:04.664117 |
|---|