Artikel Ilmiah : B2A018013 a.n. PUTRI EKA AULIANA
| NIM | B2A018013 |
|---|---|
| Namamhs | PUTRI EKA AULIANA |
| Judul Artikel | GENETIKA POPULASI IKAN BEUNTEUR (Barbodes binotatus, VALENCIENNES, 1842) DI PERAIRAN SUNGAI DI KOTA PURWOKERTO BERDASARKAN KARAKTER RAPD |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Ikan beunteur (Barbodes binotatus), salah satu ikan perairan tawar yang memiliki potensi ekonomi cukup penting sebagai ikan konsumsi maupun ikan hias dimanfaatkan terus meningkat sehingga populasi dan keanekaragaman genetiknya semakin menurun, diduga terjadi pada populasi ikan beunteur di perairan sungai di Kota Purwokerto. Upaya konservasi dan pengelolaan ikan beunteur perlu dilakukan dengan mengetahui ada tidaknya strukturisasi populasi dan hubungan filogenetik di antara ikan beunteur pada populasi sungai di wilayah tersebut. Penelitian dilakukan menggunakan metode survei dengan teknik purposive random sampling. Sebanyak 60 sampel ikan beunteur diambil dari Sungai Pelus, Sungai Kranji, dan Sungai Banjaran. Variabel yang diamati adalah keanekaragaman genetik, struktur populasi, dan hubungan evolusi ikan beunteur pada tiga populasi berdasarkan marka molekuler RAPD. Parameter yang diamati adalah keanekaragaman lokus, keanekaragaman gen (h), dan hubungan evolusi individu. Isolasi DNA dilakukan dengan metode Chelex, amplifikasi marka RAPD menggunakan teknik PCR dengan primer OPA 07, OPA 20, OPAH 08, dan OPB 02. Data polimorfik dianalisis menggunakan software Arlequin. Signifikansi dan distribusi keanekaragaman genetik intra populasi dan antarpopulasi dianalisis dengan analysis of molecular variance (AMOVA). Hubungan evolusi ikan beunteur dari populasi yang berbeda dianalisis dengan menggunakan software NTSys dengan metode Unweighted Pairs Group Methods with Arithmatic Mean (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan terdapat variasi genetik intrapopulasi ikan nilem pada ketiga sungai tetapi tidak ada perbedaan genetik antarpopulasi (antar sungai). Kondisi kualitas perairan yang masih baik diduga menjadi faktor penyebab terjadinya variasi genetik intrapopulasi karena pada kondisi tersebut berbagai alel mampu beradaptasi. Namun, tidak terdapatnya perbedaan genetik antarpopulasi menandakan bahwa masih terjadi aliran gen. Berdasarkan konstruksi dendogram didapatkan hasil hubungan evolusi bahwa populasi S. Pelus relatif jauh kekerabatannya dari populasi S. Kranji dan S. Banjaran. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Abstrak Ikan beunteur (Barbodes binotatus), salah satu ikan perairan tawar yang memiliki potensi ekonomi cukup penting sebagai ikan konsumsi maupun ikan hias dimanfaatkan terus meningkat sehingga populasi dan keanekaragaman genetiknya semakin menurun, diduga terjadi pada populasi ikan beunteur di perairan sungai di Kota Purwokerto. Upaya konservasi dan pengelolaan ikan beunteur perlu dilakukan dengan mengetahui ada tidaknya strukturisasi populasi dan hubungan filogenetik di antara ikan beunteur pada populasi sungai di wilayah tersebut. Penelitian dilakukan menggunakan metode survei dengan teknik purposive random sampling. Sebanyak 60 sampel ikan beunteur diambil dari Sungai Pelus, Sungai Kranji, dan Sungai Banjaran. Variabel yang diamati adalah keanekaragaman genetik, struktur populasi, dan hubungan evolusi ikan beunteur pada tiga populasi berdasarkan marka molekuler RAPD. Parameter yang diamati adalah keanekaragaman lokus, keanekaragaman gen (h), dan hubungan evolusi individu. Isolasi DNA dilakukan dengan metode Chelex, amplifikasi marka RAPD menggunakan teknik PCR dengan primer OPA 07, OPA 20, OPAH 08, dan OPB 02. Data polimorfik dianalisis menggunakan software Arlequin. Signifikansi dan distribusi keanekaragaman genetik intra populasi dan antarpopulasi dianalisis dengan analysis of molecular variance (AMOVA). Hubungan evolusi ikan beunteur dari populasi yang berbeda dianalisis dengan menggunakan software NTSys dengan metode Unweighted Pairs Group Methods with Arithmatic Mean (UPGMA). Hasil penelitian menunjukkan terdapat variasi genetik intrapopulasi ikan nilem pada ketiga sungai tetapi tidak ada perbedaan genetik antarpopulasi (antar sungai). Kondisi kualitas perairan yang masih baik diduga menjadi faktor penyebab terjadinya variasi genetik intrapopulasi karena pada kondisi tersebut berbagai alel mampu beradaptasi. Namun, tidak terdapatnya perbedaan genetik antarpopulasi menandakan bahwa masih terjadi aliran gen. Berdasarkan konstruksi dendogram didapatkan hasil hubungan evolusi bahwa populasi S. Pelus relatif jauh kekerabatannya dari populasi S. Kranji dan S. Banjaran. Kata penting: ikan beunteur (Barbodes binotatus), RAPD, genetika populasi Abstract Spotted barb (Barbodes binotatus), one of the freshwater fish of sufficiently significant economic value used both as a consumption fish and ornamental fish, has increased, thus leading to overexploitation that the populations, especially in river waters, is decreasing. It is thought to have led to a decrease in its genetic diversity. Similarly, it can occur due to reducing the fish population. Another aspect that needs to be studied as a foundation in the conservation and management efforts of spotted barb fish is population structure and phylogenetic relationships among spotted barb fish in the population. Therefore, it is necessary to study the genetics of spotted barb fish populations in river waters in Purwokerto City based on molecular RAPD. A survey method was conducted with a purposive random sampling technique. A total of 60 samples of spotted barb fish were taken using nets from three different rivers, i.e., Pelus River, Kranji River, and Banjaran River. The variables observed were genetic diversity, population structure, and the evolutionary relationship of spotted barb fish in the three populations based on the molecular markers of RAPD. The observation parameters were nucleotide diversity (π), haplotype diversity (h), and evolutionary relationships. The DNA was isolated using the Chelex method, and the RAPD markers were amplified using OPA 07, OPA 20, OPAH 08, and OPB 02 primers. The significance and distribution of genetic diversity in the population and among the three populations were analyzed using AMOVA. The evolutionary relationship of spotted barb fish from different populations was analyzed using the UPGMA method implemented in NTSys software. The results showed that intra-population but no inter-population variation were observed. Good water quality is likely to cause intra-population variation because more alleles can addapt. However, the absence of variation among populations indicates that gene flow still exists. Based on the dendrogram constructed, it is proved that the River Pelus population is relatively remote from both River Kranji and River Banjaran populations. Preservation can use Genetic data obtained from the spotted barb fish populations. |
| Kata kunci | ikan beunteur (Barbodes binotatus), RAPD, genetika populasi |
| Pembimbing 1 | Prof. Dr. Agus Nuryanto, M.Si. |
| Pembimbing 2 | Dr. Agus Hery Susanto, M.S. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2021 |
| Jumlah Halaman | 14 |
| Tgl. Entri | 2021-07-26 13:02:44.104914 |