| NIM | B1A016025 |
|---|
| Namamhs | INDRAWATI |
|---|
| Judul Artikel | Studi Komparatif Molekuler Synedrella nodiflora (L.) Gaertn. dan Eleutheranthera ruderalis (Swartz.) Sch.Bip. Berdasarkan Penyela Intergenik trnL(UAA)-trnF(GAA) |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Jotang Kuda (Synedrella nodiflora) dan Babadotan (Eleutheranthera ruderalis) merupakan dua spesies anggota familia Asteraceae yang memiliki penampakan sangat mirip satu sama lain. Meskipun perbedaan karakter morfologi dan anatomi di antara keduanya dapat diamati, studi perbandingan genetik menggunakan marka molekuler tertentu sangat diperlukan untuk mendukung data perbedaan morfologi dan anatomi yang telah dilaporkan sebelumnya. Marka DNA kloroplas (cpDNA), seperti penyela intergenik (IGS) trnL(UAA)-trnF(GAA), yang memiliki laju mutasi relatif tinggi, sering digunakan untuk mengindentifikasi perbedaan genetik pada tingkat taksa yang rendah. Penelitian ini bertujuan untuk (1) mengetahui sekuen IGS trnL(UAA) - trnF(GAA) pada S. nodiflora dan E. ruderalis dan (2) mengetahui perbedaan sekuen IGS trnL (UAA)-trnF (GAA) di antara kedua spesies tersebut. Penelitian dilakukan dengan metode survei menggunakan teknik pengambilan sampel secara acak dari beberapa tempat di Kabupaten Banyumas (Jawa Tengah) dan sekitarnya. Prosedur kerja sekuensial dilakukan, yang terdiri atas ekstraksi DNA genom dengan metode CTAB, amplifikasi IGS trnL(UAA) – trnF(GAA) menggunakan sepasang primer universal, yaitu e B49873 sebagai forward primer dan f A50272 sebagai reverse primer, kemudian dilanjutkan dengan sekuensing IGS trnL(UAA) – trnF(GAA) menggunakan metode Sanger. Hasil penelitian menunjukkan bahwa panjang sekuen IGS trnL(UAA) – trnF(GAA) pada S. nodiflora dan E. ruderalis masing-masing 312 bp dan 317 bp. Tidak ada perbedaan sekuen IGS trnL(UAA) - trnF(GAA) yang diamati di antara keempat sampel S. nodiflora (S1I, S2I, S3I, S4I) dan di antara kedua sampel E. ruderalis (E3I,E4I). Namun, hasil penyejajaran sekuen IGS trnL(UAA) - trnF(GAA) di antara kedua spesies tersebut menunjukkan adanya perbedaan berupa insersi dan delesi (indel) dan substitusi basa. Meskipun tidak ada korelasi langsung antara perbedaan genetik dan perbedaan fenotipik yang terlihat, temuan ini memberikan data molekuler yang membedakan kedua spesies tersebut. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Nodeweed (Synedrella nodiflora) and ogiera (Eleutheranthera ruderalis) are two species of Asteraceae family showing very similar appearance to each other. Although some differences on morphological and anatomical characteristics between both species are observed, studies on genetic comparison using particular markers are required to support morpho-anatomical data previously reported. Chloroplast DNA markers, such as trnL (UAA) - trnF (GAA) intergenic spacer (IGS), which are of relatively high mutation rate, are frequently used to identify genetic differences at low level of taxa. The aims of this study are (1) to determine the sequences of trnL (UAA) - trnF (GAA) IGS in S. nodiflora and E. ruderalis and (2) to find out the differences in the trnL (UAA) - trnF (GAA) IGS sequence between both species. The study was conducted in a survey method using random sampling technique from several places in Banyumas Regency (Central Java) and surrounding areas. A sequential procedure was carried out consisting of genomic DNA extraction using CTAB method, amplification of trnL (UAA) - trnF (GAA) IGS employing a pair of universal primers, i.e. e B49873 as forward primer and f A50272 (GAA) as reverse primer, and then followed by sequencing of trnL (UAA) - trnF (GAA) IGS with Sanger method. The results showed that the length of amplified trnL (UAA) - trnF (GAA) IGS in S. nodiflora and E. ruderalis were 312 bp and 317 bp respectively. No difference within four samples of S.nodiflora (S1I, S2I, S3I, S4I) as well as within two samples of E. ruderalis (E3I, E4I) was observed. Nevertheless, sequence alignment between trnL (UAA) - trnF(GAA) IGS of both species showed several insertions-deletions (indels) and base substitutions. Inspite of no direct correlation between these genetic differences and some visible phenotypic differences, this finding provides molecular data distinguishing both species. |
|---|
| Kata kunci | Eleutheranthera ruderalis, penyela intergenik trnL(UAA) - trnF(GAA), perbedaan genetik, Synedrella nodiflora |
|---|
| Pembimbing 1 | Dr. Agus Hery Susanto, M.S. |
|---|
| Pembimbing 2 | Dr. Murni Dwiati, M.Si. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2020 |
|---|
| Jumlah Halaman | 18 |
|---|
| Tgl. Entri | 2020-08-19 13:19:22.259945 |
|---|