| NIM | B1B016005 |
|---|
| Namamhs | SALSABILA PRATIWI |
|---|
| Judul Artikel | Genetic Differences Between Eleutheranthera ruderalis (Sw.) Sch. – Bip. and Synedrella nodiflora (L.) Gaertn Based on trnT(UGU) – trnL(UAA) |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Ogiera (Eleutheranthera ruderalis) dan nodeweed (Synedrella nodiflora) adalah gulma dari famili Asteraceae yang biasa ditemukan di banyak daerah tropis. Keduanya memiliki morfologi yang identik, meskipun beberapa perbedaan dapat diamati. Data karakteristik morfologi tidak cukup untuk menunjukkan perbedaan di antara mereka, sehingga diperlukan data molekuler berdasarkan marka tertentu. Dalam penelitian ini penyela intergenik (IGS) trnT (UGU) - trnL (UAA) dari cpDNA digunakan untuk mengidentifikasi dan menganalisis perbedaan urutan sekuens antara E. ruderalis dan S. nodiflora. Penelitian dilakukan di Laboratorium Fisiologi dan Genetika Molekuler, Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman dari Januari 2020 hingga Februari 2020 menggunakan teknik PCR dengan sepasang primer universal, yaitu B48557 sebagai primer forward dan A49291 sebagai primer reverse. Kemudian, produk PCR dikirim ke Firstbase Malaysia untuk disekuensing dan setelah itu disejajarkan menggunakan ClustalW yang diimplementasikan dalam Bioedit versi 7.0.4.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa produk PCR E. ruderalis sekitar 560-580 bp dan S. nodiflora sekitar 600-650 bp. Pengecekan sekuens dengan NCBI memperlihatkan jika semua produk PCR adalah penyela intergeneik IGS trnT (UGU) - trnL (UAA). Penjajaran sekuens kedua sampel menunjukkan bahwa terdapat beberapa perbedaan dalam urutan IGS trnT (UGU) - trnL (UAA) akibat adanya beberapa indel dan substitusi yang teramati. Di sisi lain, hampir tidak ada perbedaan sekuens IGS trnT (UGU) - trnL (UAA) di dalam S. nodiflora maupun E. ruderalis. Variasi genetik antara kedua spesies mendukung data fenotipik yang ada, meskipun tidak ada korelasi langsung antara perbedan genetik dengan perbedaan fenotipik.
|
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Ogiera (Eleutheranthera ruderalis) and nodeweed (Synedrella nodiflora) are weed species that belong to Asteraceae family commonly found in many tropical regions. Both have identical morphology, although some dissimilarities are actually observed. The data on morphological characteristics are not sufficient to show the differences between them. So, molecular data based on particular marker are required. In this study an intergenic spacer (IGS) of trnT(UGU) - trnL(UAA) from cpDNA was used. This study aims to identify the IGS trnT(UGU) - trnL(UAA) sequences in both E. ruderalis and S. nodiflora and to analyze the differences between both. The study was conducted at Plant Physiology and Genetic & Molecular Laboratories, the Faculty of Biology, Jenderal Soedirman University from January 2020 to February 2020 using PCR technique with a pair of universal primers, i.e. B48557 as forward primer and A49291 as reverse primer. Then, the PCR products was sent to Firstbase Malaysia for sequencing, after which the sequences were aligned using ClustalW which was implemented in the Bioedit version 7.0.4.1. The results showed that PCR products of approximately 560-580 bp and 600-650 bp were obtained from E. ruderalis and S. nodiflora samples respectively. Blasting to NCBI database revealed that all the PCR products were undoubtedly IGS trnT(UGU) - trnL(UAA). Sequence alignment showed that some differences in IGS trnT(UGU) - trnL(UAA) sequences between S. nodiflora and E. ruderalis with respect of some indels and base substitutions were observed. On the other hands, nearly no IGS trnT(UGU) - trnL(UAA) sequence difference within either S. nodiflora or E. ruderalis was found. The genetic variation between both species supports the existing phenotypical data despite no direct correlation between this genetic and visible phenotypic differences.
|
|---|
| Kata kunci | Kata kunci: perbedaan genetic, IGS trnT(UGU) - trnL(UAA), nodeweed, ogiera |
|---|
| Pembimbing 1 | Dr. Agus Heri Susanto, M.S. |
|---|
| Pembimbing 2 | Dr. Murni Dwiati, M.Si. |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2020 |
|---|
| Jumlah Halaman | 17 |
|---|
| Tgl. Entri | 2020-08-16 14:53:53.960032 |
|---|