Artikel Ilmiah : A1L014127 a.n. ROBBY BINSAR BUTAR-BUTAR
| NIM | A1L014127 |
|---|---|
| Namamhs | ROBBY BINSAR BUTAR-BUTAR |
| Judul Artikel | ANALISIS MOLEKULER GEN badh2 PENGENDALI KARAKTER AROMATIK PADA GALUR BC3F1 TURUNAN PERSILANGAN PADI VARIETAS CENDANA DAN MENTIK WANGI |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Penelitian ini bertujuan untuk: 1) mengetahui informasi kualitatif dan kuantitatif DNA hasil ekstraksi, 2) mengidentifikasi pola amplifikasi marka Bradbury untuk gen pengkode enzim betain aldehid dehidrogenase (badh2), dan 3) menyeleksi galur harapan BC3F1 heterozigot yang membawa sifat unggul dari Cendana sebagai tetua pengulang serta karakter aromatik dari Mentik Wangi sebagai tetua donor. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler dan rumah kaca Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian Bogor pada bulan Februari 2018 sampai dengan bulan Agustus 2018. Proses penelitian dibagi menjadi 3 bagian utama, yakni isolasi DNA, uji kuantitatif dan kualitatif DNA, dan seleksi galur harapan. Sebanyak 372 tanaman padi populasi BC3F1 diseleksi menggunakan marka molekuler multipleks Bradbury terkait gen aroma badh2. Variabel yang diamati terdiri dari konsentrasi DNA (ng/μl), kemurnian DNA (A260/280), kualitas DNA, pola amplifikasi, proporsi genotipe sifat aromatik, dan warna biji BC3F2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konsentrasi DNA yang diperoleh berkisar antara 400 hingga 1000 ng/µl. Absorbansi DNA pada rasio panjang gelombang A260/280 nm menunjukkan kemurnian DNA yang baik pada 234 sampel (1,8<A260/280<2,0), kontaminasi RNA pada 137 sampel (A260/280>2,0), dan kontaminasi protein pada 19 sampel (A260/280<1,8). Kontaminasi RNA dan protein tidak signifikan terlihat secara kualitatif menggunakan elektroforesis gel agarosa 1,4% dengan pembanding marka lambda konsentrasi 20 ng/μl dan 40 ng/μl sehingga tidak mengganggu proses polymerase chain reaction (PCR). Berdasarkan hasil analisis PCR dan validasi warna biji BC3F2 maka terseleksi 75 tanaman positif heterozigot dengan biji berwarna merah yang membawa alel aromatik dari Mentik Wangi (tetua donor) dan sifat unggul dari Cendana (tetua pengulang). Kata kunci: Padi, aromatik, marka Bradbury dan seleksi molekuler |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | This research aimed to: 1) determine the qualitative and quantitative information of the extracted DNA, 2) to identify the amplification patterns of the the enzyme betain aldehyde dehydrogenase (badh2) gene encoding aroma using Bradbury marker, and 3) to select superior BC3F1 rice lines carrying both red colored seed and aromatic traits derived from Cendana as recurrent parent and Mentik Wangi as donor parent, respectively. The research was conducted at molecular biology laboratory and green house of Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian in Bogor, started from February to August 2018. The research was primarily divided into 3 main parts, i.e. DNA isolation, quantitative and qualitative analysis of extracted DNA, and the selection of desired rice line of BC3F1 population. A total of 372 plants of BC3F1 population were screened using Bradbury multiplex molecular marker related to badh2 gene. The variables measured consist of DNA concentration (ng/μl), DNA purity (A260/280), DNA quality, amplification pattern, proportion of aromatic genotype, and BC3F2 seed color. The result shows that the DNA concentration ranged between 400 to 1000 ng/μl. DNA absorbance at A260/280 nm ratio indicated good DNA purity among 234 samples (1,8<A260/ 280<2,0), RNA contamination among 137 samples (A260/280>2,0), and protein contamination among 19 samples (A260/280<1,8). However, based on the qualitative test using electrophoresis with 1,4% of agarose gel along with marka lambda of 20 ng/μl and 40 ng/μl concentration as comparative control, the RNA and protein contamination was not significantly differed among samples. Based on the PCR analysis and the validation of BC3F2 seed color, 75 out of 372 individual plant showed heterozygous alleles expressing red-colored seed which carry aromatic allele from Mentik Wangi (donor parent) and prime traits from Cendana (recurrent parent). Keywords: Rice, aromatic, Bradbury marker, and molecular selection |
| Kata kunci | Padi, aromatik, marka Bradbury dan seleksi molekuler |
| Pembimbing 1 | Prita Sari Dewi, S.P., M.Sc., Ph.D. |
| Pembimbing 2 | Reflinur, S.P., M.Si., Ph.D. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2018 |
| Jumlah Halaman | 14 |
| Tgl. Entri | 2018-09-27 17:49:12.720511 |