Artikel Ilmiah : B1J013134 a.n. ROSERLI MUHARNI
| NIM | B1J013134 |
|---|---|
| Namamhs | ROSERLI MUHARNI |
| Judul Artikel | KEKERABATAN ISOLAT ACTINOMYCETES PENGHASIL SENYAWA ANTIMIKROBA PADA RIZHOSFER MANGROVE BERDASARKAN SEKUEN GEN 16S rRNA |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Actinomycetes adalah bakteri Gram positif berfilamen dan bersporulasi yang ditandai dengan kandungan G + C tinggi dalam DNA, mampu menghasilkan senyawa antimikroba khususnya dari genus Streptomyces. Keberadaan actinomycetes pada rhizosfer mangrove, habitat yang unik, menarik untuk dipelajari. Penelitian terakhir menjelaskan bahwa telah diisolasi Streptomyces yang memiliki kemapuan antimikroba dari daerah Segara Anakan, Cilacap. Hubungan kekerabatan antar actinomycetes dapat diketahui menggunakan data molekuler berupa urutan nukleotida, sehingga dapat melakukan rekonstruksi filogenetik. Identifikasi molekuler merupakan salah satu langkah dalam menemukan atau mengenali suatu spesies, salah satu penanda yang paling banyak digunakan pada organisme prokariotik adalah gen 16S rRNA. Tujuan penelitian adalah melakukan identifikasi molekuler isolat actinomycetes asal rhizosfer mangrove Segera Anakan, Cilacap berdasarkan urutan sekuen 16S rRNA dan mengetahui hubungan kekerabatan diatara mereka. Langkah-langkah penelitian termasuk isolasi DNA, amplifikasi DNA dan sekuensing DNA. Urutan yang diamati kemudian dianalisis menggunakan program BLAST GenBank dilanjutkan untuk analisis filogenetik dengan metode MEGA versi 7 Tetangga bergabung dengan bootstrap 1.000 replikasi. Hasilnya menunjukkan bahwa DNA dari lima isolat actinomycetes (Streptomyces sp. E401, E403, SA14.1, AC8, dan E404.) berhasil diisolasi. Tiga sampel menunjukkan nilai similaritas yang rendah, oleh karena itu tidak melanjutkan pada analisis filogenetik. Analisis dua sampel Streptomyces menunjukkan bahwa Streptomyces sp. E403 diasumsikan memiliki hubungan kekerabatan dengan Streptomyces sp. 7CM7 (Acc.number JX051256.1) dengan nilai similaritas 87%, sedangkan Streptomyces sp. AC8 memiliki hubungan kekerabatan dengan Streptomyces sp. FXJ8.102 (Acc.number KM507717.1) dengan nilai similaritas 98%. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Actinomycetes are filamentous and sporulating Gram-positive bacteria characterized by high G + C content in their DNA, capable of producing antimicrobial compounds especially from the genus Streptomyces. The existence of actinomycetes in the mangrove rhizosphere, a unique habitat, is interesting to be studied. Recent research explains that Streptomyces has been isolated which has antimicrobial ability from Segara Anakan mangrove rhizosphere, Cilacap. The relationship between actinomycetes can be known using molecular data through nucleotide sequences for phylogenetic reconstruction. Molecular identification is one step in recognizing a species, using the 16S rRNA gene, one of the most widely used markers in prokaryotic organisms. The objective was to identify molecularly the actinomycetes isolated from mangrove rhizosphere in Segara Anakan, Cilacap based on 16S rRNA sequence and to determine their genetic relationship. The steps of research included DNA isolation, DNA amplification and DNA sequencing. The observed sequences then were analyzed using GenBank BLAST program continued for phylogenetic analysis with MEGA version 7 method Neighbor-joining with bootstrap 1.000 replicates. The result showed that the DNA of five actinomycetes isolates (Streptomyces sp. E401, E403, SA14.1, AC8, and E404) were successfully isolated. Three samples showed a low similarity value, therefore did not proceed on phylogenetic analysis. The analysis of two Streptomyces samples showed that Streptomyces sp. E403 was assumed to have a genetic relationship to Streptomyces sp. 7CM7 (Acc.number JX051256.1) with 87% similarity value. While Streptomyces sp. AC8 has a genetic relationship to Streptomyces sp. FXJ8.102 (Acc.number KM507717.1) with a similarity value of 98%. |
| Kata kunci | Streptomyces sp., gen 16S rRNA, filogenetik, antimikroba |
| Pembimbing 1 | Dr. Hendro Pramono, M.S. |
| Pembimbing 2 | Dra. Dini Ryandini , M.Si. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2018 |
| Jumlah Halaman | 8 |
| Tgl. Entri | 2018-08-28 09:33:07.672899 |