| NIM | A1L113094 |
|---|
| Namamhs | EVELYNE LAURA LASMAULI |
|---|
| Judul Artikel | PENGGUNAAN PENANDA SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) dan RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA (RAPD) UNTUK MENGETAHUI KERAGAMAN GENETIK VARIETAS KENTANG (Solanum tuberosum L.) ASAL BATUR, BANJARNEGARA |
|---|
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Penelitian ini bertujuan untuk 1) mengetahui tingkat keragaman genetik delapan varietas kentang asal Batur, Banjarnegara berdasarkan Simple Sequence Repeat (SSR) dan Random Amplified Repeat (RAPD), dan 2) mengetahui hubungan kekerabatan delapan varietas kentang asal Batur, Banjarnegara berdasarkan SSR dan RAPD. Penelitian ini telah dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Jenderal Soedirman dimulai dari April–Oktober 2017. Penelitian ini menggunakan sampel yang diambil dari Batur, Banjarnegara. DNA diekstraksi menggunakan metode CTAB yang dimodifikasi. Metode CTAB modifikasi bertujuan untuk mendapatkan total DNA dari sampel daun yang diuji. Selanjutnya, di PCR menggunakan komponen yang sudah diekstraksi dan sudah diatur sesuai optimasi waktunya dari masing-masing dua primer RAPD dan empat primer SSR. Setelah itu dikuantifikasi dan dikualifikasi menggunakan elektroforesis dengan agarose gel 1 persen dan 3 persen, serta menggunakan spektrofotometer. Hasil elektroforesis diskoring 1 jika muncul pita dan 0 jika tidak muncul pita. Pohon filogenetik dibentuk menggunakan metode UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic) dengan aplikasi Mega 6 (molecular evolutionary genetics analysis). Berdasarkan hasil pola pita dari dua primer RAPD dan empat primer SSR diperoleh 23 pola pita dengan persentase polimorfik sebesar 100%. Enam primer yang digunakan memiliki kisaran nilai PIC 0,50-0,86. Berdasarkan konstruksi pohon filogenetik, aksesi kentang yang dianalisis memiliki kisaran jarak genetik 0,26-0,32 atau memiliki kisaran keragaman genetik 26%-32%. Pohon filogenetik yang terbentuk membagi dua kluster, besarnya koefisien jarak 0,26-0,32 memiliki keragaman yang rendah serta kesamaan genetik yang tinggi. Kluster tersebut terbagi lagi menjadi dua subkluster dengan jarak 0,08-0,29. Subkluster pertama pada jarak 0,15-0,29 terdapat varietas Lapan, Ungu, Granola L dan Merah. Subkluster kedua pada jarak 0,08-0,12 terdapat varietas NH1, MZ, Agria, Vega. |
|---|
| Abtrak (Bhs. Inggris) | This research aimed 1) to determine the genetic diversity level of eight varieties of potatoes from Batur, Banjarnegara based on the Simple Sequence Repeat (SSR) and Random Amplified Repeat (RAPD), and 2) to dentify the relation of eight varieties of potato from Batur, Banjarnegara based on the SSR and RAPD. This research was carried out at the Plant Breeding and Biotechnology Laboratory of the Faculty of Agriculture, University of Jenderal Soedirman from April 2017-October 2017.This study used leaf samples of eight potato varietes from the Banjarnegara and Wonosobo cultivation. DNA was extracted by using CTAB method with a minor modification. A method of CTAB modification aims to receives a total of DNA from samples leaves that are being tested. Then PCR was performed using components and cycles according to the optimization results have been done of the two RAPD primer and four SSR primer. Once it is in the quantification and in qualification use electrophoresis with agarose gel 1% and 3%, as well as use of the spectrophotometer. The band was scored 1 if it appeared tape and 0 if it did not appear. Phylogenetic tree and dendrogram were established based on an unpaired group method of arithmetic (UPGMA) using the software Mega 6 (molecular evolutionary genetics analysis). The genomic DNA of 33 potato accession was amplified with two RAPD primer and four SSR primer that generated 100% polymorphic from 23 allels and Based on calculation a range of PIC values from 0.50-0.88. Based on phylogenetic tree construction, accession of potatoes analyzed has a range of genetic distance 0.26-0.32 or has a genetic similarity range of 26%-32%. The phylogenetic trees formed divide cluster 2, the distance coefficient 0.26-0.32 have low diversity and high similarity genetic. The cluster divided into a 2 subcluster 0.26-0.32. Subcluster first at a distance 0.15-0.29 there are varieties Lapan, Purple, Granola L, Red. Subcluster both at a distance 0.08-0.12 there are varieties NH1, MZ, Agria, and Vega. |
|---|
| Kata kunci | Solanum tuberosum L., keragaman genetik, pohon filogenetik, SSR, dan RAPD |
|---|
| Pembimbing 1 | Sapto Nugroho Hadi, S.Si., M. Biotech |
|---|
| Pembimbing 2 | Siti Nurchasanah, S. P., M. Si |
|---|
| Pembimbing 3 | |
|---|
| Tahun | 2018 |
|---|
| Jumlah Halaman | 24 |
|---|
| Tgl. Entri | 2018-05-15 19:26:36.191752 |
|---|