Artikel Ilmiah : B1J013004 a.n. GINA AMALIA
| NIM | B1J013004 |
|---|---|
| Namamhs | GINA AMALIA |
| Judul Artikel | KARAKTERISASI MOLEKULER IKAN GURAMI BATANGHARI (Osphronemus goramy Lac.) HASIL TANGKAPAN DI ALAM DAN PENANGKARAN |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Ikan Gurami (Osphronemus goramy Lac.) merupakan ikan yang tersebar di kawasan tropis mulai dari India sampai Semenanjung Malaya dan Indonesia. Berbagai strain ikan Gurami telah banyak dibudidayakan di Indonesia. Salah satu strain ikan Gurami yang baru saja dilepas pada tanggal 30 Maret 2015 oleh Kementerian Kelautan dan Perikanan adalah ikan Gurami Batanghari. Ikan Gurami Batanghari hasil budidaya atau penangkaran di duga mengalami perubahan secara genetik jika dibandingkan dengan ikan Gurami Batanghari hasil tangkapan di alam karena adanya upaya seleksi yang dapat menghilangkan materi genetik. Oleh karena itu, diperlukan karakterisasi secara molekuler untuk mengetahui ada tidaknya perbedaan genetik diantara keduanya. Salah satu penandamolekuler yang dapat digunakan untuk karakterisasi adalah gen sitokrom c oksidase I (COI). Gen COl memiliki laju mutasi yang cukup tinggi, sehingga dapat memperlihatkan perbedaan antar individu dalam satu spesies yang sama. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survey. Sampel yang digunakan adalah jaringan sirip ekor koleksi Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi Unsoed. Penelitian ini diawali dengan melakukan ekstraksi DNA dari sampel sirip ikan, amplifikasi fragmen gen COI mtDNA ikan, elektroforesis gel agarosa, dan DNA sekuensing. Sekuen yang diperoleh diedit menggunakan software Bio-Edit. Keragaman genetik diduga secara statistik menggunakan analysis of molecular variance (AMOVA) dengan bantuan software Arlequin serta hubungan kekerabatan dianalisis dengan cara merekonstruksi pohon filogenetik menggunakan algoritma Neighbor-Joining dengan bantuan software MEGA 6. Analysis of molekuler variance dengan model K2P menunjukkan bahwa kedua populasi ikan Gurami Batanghari tidak berbeda (indek fiksasi/Fst= 0,00; p= 0,99). Namun jika dilihat secara rinci pada setiap populasi, populasi alami (BA) memiliki keragaman haplotipe (h) yang tinggi yaitu 1,00 +/- 0,06 ; keragaman nukleotida (π) 6% ; polimorfisme 17,9%. Demikian halnyajuga dengan populasi hasil penagkaran. Populasi hasil penagkaran (BT) nilai keragaman haplotipe (h) 1,00 +/- 0,05 ; keragaman nukleotida (π) 4% ; polimorfisme 16,4%. Hasil AMOVA didukung oleh hasil analisis filogeni yang memperlihatkan bahwa anggota kedua populasi tersebar acak pada percabangan pohon. Bootstrap tertinggi pada analisis kekerabatan terdapat pada clade ke dua dengan nilai 100 yang terdiri dari BA 5 dan percabangan BA 6 dan BT 6. Berdasarkan marka molekuler yang digunakan dapat disimpulkan bahwa kedua populasi ikan gurami yang diteliti tidak memiliki perbedaan genetik meskipun kedua populasi memiliki keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida yang tinggi. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Giant gouramy (Osphronemus goramy Lac.) are distributed in tropical regions ranging from India to the Malaysia Peninsular and Indonesia. Various strains Gurami have been widely cultivated in Indonesia. A newly released strain was declared on 30th March, 2015 by the Ministry of Maritime Affairs and Fisheries, that is Gouramy Batanghari. The cultivated Batanghari strain is suggested to undergo genetic alteration compared to the natural strain due to selection which might eliminate their genetic material. Therefore, a molecular characterization is needed to determine whether there is a genetic difference or not between them. The cytochrome c oxidase I (COI) gene is among molecular chaaracter which can be used in such study. The COI gene has high mutation rate, so it can show the differences among individuals within the same species. This study was conducted using a survey method. The samples were caudal fin clips of Animal Taxonomy Laboratory collection. This study was strated with DNA extraction, and followed by mtDNA COI gene amplification, agarose gel electrophoresis, and DNA sequencing. Sequences were then edited using Bio-Edit software. Genetic diversity was estimated through statistical analysis of molecular variance (AMOVA) with the help of Arlequin software and relationship among individuals were analyzed by reconstructing phylogenetic trees using the neighbor-joining algorithm with the help of MEGA software. The K2P models analysis indicate that the two populations of giant gourami was genetically not (fixation index/Fst= 0.00; p= 0.99). However, a detil examination proved that natural population (BA) population has high haplotype diversity (h) with the value of 1.00 +/- 0.06; nucleotide diversity (π) of 6%; polymorphism of 17.9%. Cultivated population (BT) has also high haplotype diversity (h= 1.00 +/- 0.05) value; high nucleotide diversity (π) 4%; polymorphism of 16.4%.Bootstrap highest kinship analysis contained in the second clade with a value of 100 which consists of branching BA 5 and 6 and BT 6. The conclusions from this research is that both population are not genetically different although has high haplotype and nucleotide diversity. |
| Kata kunci | ikan Gurami Batanghari, DNA sekuensing, gen sitokrom c oksidase I (COI), indek fiksasi. |
| Pembimbing 1 | Dr. Agus Nuryanto, S.Si., M.Si |
| Pembimbing 2 | Dr. Hendro Pramono, M.S |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2017 |
| Jumlah Halaman | 11 |
| Tgl. Entri | 2017-03-28 01:50:11.878763 |