Artikel Ilmiah : B1J012143 a.n. NAEL HUDA QONITA
| NIM | B1J012143 |
|---|---|
| Namamhs | NAEL HUDA QONITA |
| Judul Artikel | KARAKTERISASI MOLEKULER IKAN GURAMI SOANG (Osphronemus goramy Lac.) BERBEDA UKURAN MENGGUNAKAN TEKNIK PCR-RFLP GEN SITOKROM B |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Ikan gurami (Osphronemus goramy Lac.) merupakan ikan air tawar yang banyak dibudidayakan di Indonesia. Beberapa strain ikan gurami telah dibudidayakan petani ikan, salah satunya adalah gurami soang. Gurami soang dipercaya memiliki laju pertumbuhan lebih cepat dari strain lainnya. Namun, fakta menunjukkan bahwa benih yang dihasilkan dari satu pemijahan memiliki ukuran tubuh yang berbeda-beda meskipun dalam umur yang sama. Perbedaan tersebut diduga karena adanya perbedaan laju pertumbuhan yang disebabkan oleh perbedaan kemampuan metabolisme khususnya respirasi seluler. Perbedaan laju respirasi seluler diduga karena perbedaan komponen genetik yang dimiliki oleh setiap individu, salah satunya pada gen sitokrom b. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah ada perbedaan marka PCR-RFLP gen sitokrom b (cyt b) pada ikan gurami soang berbeda ukuran yang berasal dari satu pemijahan sehingga dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode survey dengan pengambilan sampel secara purposive random sampling. Ekstraksi DNA, amplifikasi fragmen gen sitokrom b, elektroforesis gel agarosa, pemotongan produk PCR menggunakan enzim restriksi endonuklease, pengamatan hasil dibawah UV transluminator, dan pendokumentasian dilakukan di Laboratorium Taksonomi Hewan Fakultas Biologi Unsoed. Enzim restriksi yang digunakan sebanyak 4 buah, karakter molekuler dianalisis secara deskriptif berdasarkan kemunculan fragmen RFLP pada gel agarosa. Sementara itu, keanekaragaman genetik dianalisis secara statistik menggunakan Analysis of Molecular Variance (AMOVA) dengan bantuan software Arlequin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa enzim HinfI dan AluI menghasilkan situs pemotongan berbeda antara individu kecil dan besar. HaeIII dapat memotong gen cyt b pada seluruh individu dengan menghasilkan pola pita yang sama. Sementara itu, HindIII tidak dapat memotong gen cyt b. Variasi genetik pada gen cyt b dapat dideteksi dengan menggunakan enzim HinfI dan AluI. Analisis dengan menggunakan software Arlequin menunjukkan bahwa ikan gurami soang tersebut memiliki nilai keragaman genetik sebesar 0.5455 +/- 0.0615, terdapat 2 haplotipe, 7 situs polimorfik, dan nilai keragaman lokus sebesar 0.381818 +/- 0.232518 atau 38%. Hasil tersebut menunjukkan bahwa nilai keragaman lokus dan nilai keragaman genetik termasuk dalam kategori sedang. Marka PCR-RFLP HinfI dan AluI gen cyt b pada penelitian ini dapat digunakan sebagai penanda molekuler untuk membedakan gurami soang berbeda ukuran dalam satu pemijahan. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Giant gourami (Osphronemus goramy Lac.) is a freshwater fish that is widely cultivated in Indonesia. There are several strains of gourami, one of which is gourami soang strain. Soang strain has a faster growth rate than other strains. However, the fact shows that offspring derived from a single spawning has various sizes even in the same age because they have different growth rate. Differences in growth rate may occur due to differences in metabolic capabilities especially cellular respiration. Different rate of respiration can be assumed to be due to differences in the genetic component, especially on their cytochrome b (cyt b) gene. Therefore this study aimed to determine whether there are differences in PCR-RFLP marker of cyt b gene among different sizes of gourami soang strain offspring from the same spawning so that can be used to analyze their genetic diversity. This study used survey method by applying purposive random sampling. DNA extraction, fragment amplification of cytochrome b gene, agarose gel electrophoresis, PCR product digestion using endonuclease restriction enzymes, result observation under the UV transluminator, and documentation have been done in Animal Taxonomy Laboratory of Biology Faculty of Jenderal Soedirman University. Four restriction enzymes were used during the research. Molecular characters were defined descriptively based on the appearance of restriction fragment on agarose gel. Genetic diversity was analyzed statistically using Analysis of Molecular Variance (AMOVA) as implemented in Arlequin software. The result showed that HinfI and AluI enzymes obtain difference restriction sites for each size group. HaeIII enzymes was digested cyt b gene for all size group and shows the same band pattern. Whereas, HindIII enzymes couldn’t digest cyt b gene. Genetic variation in the used of cyt b gene fragment could be detected using HinfI and AluI enzymes. AMOVA analyzes showed that soang gourami has gene diversity of 0.5455 +/- 0.0615, 2 haplotypes, 7 polymorphic sites, and locus diversity with the value of 0.381818 +/- 0.232518 or 38%. The result shows that gene diversity and locus diversity value were medium category. HinfI and AluI PCR-RFLP marker of cyt b gene in this study can be used as molecular character to differentiate different sizes of gourami soang strain offspring from the single spawning. |
| Kata kunci | Gurami Soang, Gen Sitokrom B (Cyt B), Keragaman Genetik, PCR-RFLP |
| Pembimbing 1 | Dr. AGUS NURYANTO, S.Si., M.Si. |
| Pembimbing 2 | Dr. HENDRO PRAMONO, M.S. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2016 |
| Jumlah Halaman | 14 |
| Tgl. Entri | 2016-11-22 00:55:00.258559 |