Artikel Ilmiah : B1J011174 a.n. OPIK TAOFIK MUFLIH
| NIM | B1J011174 |
|---|---|
| Namamhs | OPIK TAOFIK MUFLIH |
| Judul Artikel | KEANEKARAGAMAN GENETIK Synedrella nodiflora (L.) Gaertn DI BANYUMAS |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Synedrella nodiflora (L.) Gaertn merupakan tumbuhan herba yang termasuk dalam familia Asteraceae. Walaupun secara ekologi bermanfaat sebagai pelindung tanah (groundcover), tumbuhan asal Amerika tropis ini hidup sebagai gulma berdaun lebar (broad leaved) pada berbagai pertanaman budidaya. Kemampuan reproduksinya yang tinggi dapat menyebabkan tingginya keanekaragaman genetik spesies gulma ini. Salah satu pendekatan untuk mempelajari keanekaragaman genetik S. nodiflora dapat dilakukan menggunakan penyela intergenik atpB – rbcL sebagai marka molekuler. Sekuens ini merupakan daerah nonkoding pada genom kloroplas (cpDNA) yang lazim digunakan sebagai marka untuk mempelajari evolusi intraspesifik pada tumbuhan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik populasi S. nodiflora di daerah Banyumas berdasarkan penyela intergenik atpB – rbcL serta untuk melihat ada tidaknya tekanan seleksi pada populasi tersebut. Penelitian dilakukan secara sekuensial dengan tahapan yang terdiri atas isolasi DNA genomik menggunakan metode CTAB, amplifikasi penyela intergenik atpB – rbcL, dan sekuensing penyela intergenik atpB – rbcL. Data hasil sekuensing disunting menggunakan program Sequence Navigator (versi 1.0.1; Applied Biosystem) dan diperiksa secara manual. Penjajaran sekuens dilakukan menggunakan ClustalW yang diimplementasikan dalam piranti lunak Bioedit versi 7.0.4.1. Program Arlequin 3.1 digunakan untuk menghitung keanekaragaman haplotipe h dan keanekaragaman nukleotida π. Uji netralitas dilakukan untuk mengetahui ada tidaknya tekanan seleksi. Hasil penelitian memberikan petunjuk bahwa populasi S. nodiflora (L.) Gaertn di Banyumas memperlihatkan nilai keanekaragaman yang tinggi dan tidak mengalami tekanan seleksi bila dilihat dari penyela intergenik atpB - rbcL. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Synedrella nodiflora (L.) Gaertn is herbaceous plant species that is included in the family of Asteraceae. Although ecologically useful as groundcover, this tropical American plant species lives as broad-leaved weed on various crops. Its high reproductive capability may result in high genetic diversity. One approach to study genetic diversity of S. nodiflora can be performed employing atpB - rbcL intergenic spacer (IGS) as molecular marker. This sequence is a noncoding region in the chloroplast genome (cpDNA) commonly used as molecular marker to study intraspecific evolution in plants. This study aimed to determine genetic diversity of S. nodiflora population in Banyumas based on the atpB – rbcL IGS and to see whether selection pressure works on this population or not. The research was conducted in a series of steps consisting of genomic DNA isolation using CTAB method, amplification of atpB – rbcL IGS and sequencing of atpB – rbcL IGS. Data of sequences were edited using Sequence Navigator 1.0.1 (Applied Biosystems) and checked manually. Sequence alignment was performed using ClustalW which is implemented in Bioedit 7.0.4.1. Arlequin 3.1 was used to calculate haplotype diversity (h) and nucleotide diversity (π). Neutrality test was conducted to determine the presence or absence of selection pressure. The results showed that based on atpB – rbcL IGS high genetic diversity of S. nodiflora (L.) Gaertn population in Banyumas is observed and no selection pressure works on the population. |
| Kata kunci | Synedrella nodiflora (L.) Gaertn, analisis keanekaragaman intraspesifik, penyela intergenik atpB – rbcL, Banyumas |
| Pembimbing 1 | Drs. Agus Hery Susanto, M.S |
| Pembimbing 2 | Ir. Alice Yuniaty, M.Sc., Ph.D. |
| Pembimbing 3 | |
| Tahun | 2015 |
| Jumlah Halaman | 10 |
| Tgl. Entri | 2015-08-25 21:16:16.360215 |