Artikel Ilmiah : B1J009090 a.n. SUKENDA
| NIM | B1J009090 |
|---|---|
| Namamhs | SUKENDA |
| Judul Artikel | IDENTIFIKASI JABON PUTIH [Neolamarckia cadamba (Roxb) Bosser] DAN JABON MERAH [Neolamarckia macrophyllus (Roxb) Bosser] MENGGUNAKAN PENANDA RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | ABSTRACT Jabon (Neolamarckia sp.) consists of two species, namely White Jabon (Neolamarckia cadamba) and Red Jabon (Neolamarckia macrophylla). The purpose of this study was to determine primers that could be used in the analysis of jabon genetic diversity using RAPD, find jabon specific allele, determine the genetic diversity within and between Red and White Jabon populations. Leaf samples were taken from population of Red Jabon and population of White Jabon. Analysis of genetic diversity used 8 primers OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15 , and OPQ 16. Observed variables were the pattern and number of specific DNA fragments resulted from PCR amplification. Determination of selected primers was conducted descriptively based on the presence or absence of DNA bands in the agarose gel. The POPGENE 1.32. The results showed that of the 8 primers used to generate the RAPD profiles, there were three specific alleles in White Jabon and seven in Red Jabon. Population genetic diversity value of White Jabon was 0,21 and that of Red Jabon was 0,15. Genetic distance between White and Red Jabon was 0,49. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | IDENTIFIKASI JABON PUTIH (Neolamarckia cadamba) DAN JABON MERAH (Neolamarckia macrophyllus) PENANDA RAPD MENGGUNAKAN (Random Amplified Polymorphic DNA) Sukenda, Alice Yuniaty, Pudji Widodo, ILG. Nurtjahjaningsih Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman Purwokerto Email : enda_aniz@yahoo.co.id ABSTRACT Jabon (Neolamarckia sp.) consists of two species, namely White Jabon (Neolamarckia cadamba) and Red Jabon (Neolamarckia macrophylla). The purpose of this study was to determine primers that could be used in the analysis of jabon genetic diversity using RAPD, find jabon specific allele, determine the genetic diversity within and between Red and White Jabon populations. Leaf samples were taken from population of Red Jabon and population of White Jabon. Analysis of genetic diversity used 8 primers OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15 , and OPQ 16. Observed variables were the pattern and number of specific DNA fragments resulted from PCR amplification. Determination of selected primers was conducted descriptively based on the presence or absence of DNA bands in the agarose gel. The POPGENE 1.32. The results showed that of the 8 primers used to generate the RAPD profiles, there were three specific alleles in White Jabon and seven in Red Jabon. Population genetic diversity value of White Jabon was 0,21 and that of Red Jabon was 0,15. Genetic distance between White and Red Jabon was 0,49. Keywords: Neolamarckia sp., specific allel, genetic diversity, RAPD markers, polymorphic. PENDAHULUAN Jabon (Neolamarckia sp.) termasuk famili Rubiaceae. Persebaran Jabon di Indonesia meliputi Sumatera, Jawa Barat, Jawa Timur, Kalimantan Timur, Kalimantan Sealatan, Sulawesi, Nusa Tenggara Barat, Sulawesi, Maluku dan Papua (Soerianegara and Lemmens, 1994). Rosalia (2008) menyatakan bahwa pemanfaatan dan penebangan Jabon secara terus menerus akan menurunkan potensi Jabon dan habitatnya. Penurunan ini tidak hanya berpengaruh pada produktifitas Jabon saja, tetapi juga dapat mempengaruhi sumber genetiknya. Penurunan potensi sumber genetik Jabon memerlukan upaya pemuliaan guna menjaga dan memepertahankan sumber genetik yang masih tersisa. Lande dan Shannon (1996) dalam Rimbawanto et al. (2005) mengatakan bahwa besarnya keragaman genetik mencerminkan sumber genetik yang diperlukan untuk adaptasi ekologi dalam jangka pendek dan evolusi dalam jangka panjang. Analisis keragaman genetik, hubungan kekerabatan dan seleksi pada suatu populasi tanaman dapat dilakukan menggunakan penanda morfologi dengan menelaah langsung fenotipe. Penanda morfologi didasarkan pada pengamatan fenotipe yang mudah diamati. Penanda ini memiliki kelemahan antara lain penurunan sifat yang dominan atau resesif dipengaruhi oleh lingkungan dan mempunyai tingkat keragaman rendah (Transkley et al. 1989 cit. Kaidah dan Suprapto, 2003). Alternatif lain yang dikembangkan para ahli sejalan dengan kemajuan bidang molekuler, yaitu menggunakan penanda DNA. Penanda DNA RFLP, RAPD, AFLP, dan SSR (Kaidah dan Suprapto, 2003). Penelitian ini menggunakan Penanda RAPD. Penanda RAPD merupakan salah satu metode penanda genetik yang dapat digunakan untuk berbagai keperluan penelitian pada tingkat molekuler. Analisis RAPD mempunyai banyak kelebihan dibandingkan dengan RFLP, antara lain lebih murah, regenerasi lebih cepat, membutuhkan DNA lebih sedikit, dan untuk analisa tidak perlu keahlian khusus. Namun demikian RAPD juga memiliki kekurangan yaitu, reproducsitibilitasnya rendah (Bustamam dan Moeljopawiro, 1993). Berdasarkan uraian diatas, permasalahan yang muncul adalah : Primer apa saja yang menghasilkan penanda RAPD dan memberikan pita polimorfik, alel apa saja yang spesifik, bagaimanakah keragaman genetik dalam dan antar populasi serta jarak genetik untuk populasi Jabon Putih dan Jabon Merah. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk : Menentukan primer RAPD yang cocok dan dapat digunakan untuk mempelajari keragaman, mendapatkan informasi tentang alel spesifik, mendapatkan informasi tentang keragaman genetik dalam dan antar jenis serta jarak genetik untuk populasi Jabon Putih dan Jabon Merah. Penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai rekomendasi penggunaan primer yang cocok serta memberi informasi mengenai tingkat keragaman genetik dalam dan antar populasi, hubungan kekerabatan Jabon Putih dan Jabon Merah, serta dapat menjadi kajian bagi penelitian selanjutnya. METODE Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Genetika Molekuler, Balai Besar Penelitian Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan (BBPBPTH), Purwobinangun, Pakem, Sleman, Yogyakarta. Penelitian dilaksanakan selama 3 bulan dari bulan April hingga Juni 2013. Sampel berupa daun Jabon Putih N. cadamba berasal dari kebun koleksi yang di tanam di Magelang, sedangkan Jabon Merah N. macrophyllus berasal dari kebun koleksi di persemaian (BBPBPTH). Aksesi jabon yang digunakan dalam penelitian ini adalah 9 sampel Jabon Putih dan 20 sampel Jabon Merah. Koleksi materi Jabon Putih berasal dari Sumatera Selatan sementara sampel Jabon Merah berasal dari Sulawesi Utara. Tahapan kerja yang dilakukan dalam penelitian ini meliputi ekstraksi DNA, purifikasi DNA menggunakan Gene Clean III Kit (Q-bio), kuantifikasi DNA menggunakan Nano Vuo, amplifikasi DNA melalui PCR-RAPD menggunakan Applied Gene Amp PCR system 9700 dengan tahapan pre-heating selama 3 detik pada suhu 940C, lalu inkubasi selama 60 detik pada suhu 950C, kemudian diikuti dengan 45 siklus denaturasi selama 30 detik pada suhu 940C, annealing selama 30 detik pada suhu370C, dan extension selama 90 detik pada suhu 720C. Final extension dilakukan selama 5 menit pada suhu 720C, dan storage pada suhu 40C, hasil PCR dielektrophoresis menggunakan media agarose 1,2% pada tegangan 120 volt selama ± 3 jam. Hasil elektophoresis divisualisasi menggunakan UV (BIO-RADGel DocTM EQ). Ekstraksi DNA dilakukan berdasarkan metode CTAB menurut Doyle and Doyle (1990) yang kemudian dimodifikasi oleh Shiraishi and Watanabe (1995). Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan primer RAPD (OPA1, OPA4, OPA12, OPA14, OPA16, OPQ14, OPQ15, dan OPQ16). Pita-pita hasil amplifikasi DNA diubah menjadi data biner berupa nilai, yaitu 1 apabila muncul pita dan 0 apabila tidak muncul pita. Ukuran molekul fragmen DNA ditentukan dengan DNA ladder 100 bp. Data dianalisis menggunakan program POPGENE 1. 32 (Yeh et al. 1999). Untuk menghitung nilai keragaman genetik dan jarak genetik. HASIL DAN PEMBAHASAN Isolasi DNA Metode ekstraksi DNA yang digunakan pada sampel Jabon Putih dan Jabon Merah adalah metode CTAB. Prinsip dasar metode ini adalah sifat kationik dari CTAB. komponen penyusun buffer, CTAB berfungsi untuk melarutkan membran sel tanaman sehingga terbentuk suatu komplek endapan dengan DNA. EDTA berfungsi mencegah aktivasi reaksi logam yang terkandung dalam materi sumber DNA. β-mercaptoetanolberfungsi menghambat kerja enzim polifenol oksidase, chloroform yang berfungsi untuk memisahkan kontaminan, isopropanol dan asetat untuk mengikat DNA (Milligan, 1992 ; Mathius et al. 1996 cit. Kaidah dan Suprapto, 2003). Konsentrasi DNA yang dihasilkan dari proses ekstraksi berkisar antara 4,2-49 ng/µl. lihat pada Tabel 4.1. Tabel 4.1. Hasil ekstraksi, purifikasi, dan dilusi sampel Jabon Putih dan Jabon Merah. Jenis tanaman dan populasi Hasil Crude DNA Hasil purifikasi Volume awal (µl) + dd H2O (µl) Konsentrasi (ng/ µl) Rasio (A260/A280) (µl) Jp4 sumbawa 4.9 2,513 53 250,88 Jp17 sumbawa 7.6 2,492 51 304,04 Jp16 sumbawa 9 2,338 55 343 Jp8 dompu 5.8 2,447 55 272,6 Jp18 dompu 6.2 2,431 55 281,4 Jp14 dompu 10.7 2,048 55 380,4 Jp12 sumsel 13.4 2,171 55 439,8 Jp14 semsel 4.2 2,306 55 273,4 Jp15-1 sumsel 21 2,029 55 607 Jp15-2 sumsel 17.5 2,201 55 530 Jp16 sumsel 25.5 1,954 55 706 Jp17 sumsel 34 1,478 53 867,8 Jp18-1 sumsel 29.5 1,821 55 794 Jp18-2 sumsel 22.5 1,875 55 640 Jp24 sumsel 46 1,769 55 1057 Jp33 sumsel 49 1,719 55 1223 Jm2 sulut 23.5 2,146 55 662 Jm3 sulut 11.9 1,927 53 399,28 Jm4 sulut 7 2,373 53 295,4 Jm6-1 sulut 7.7 2,250 53 310,24 Jm6-2 sulut 10.6 2,554 53 371,72 Jm7-1 sulut 18.5 2,372 53 539,2 Jm7-2 sulut 18 2,338 55 541 Jm8-1 sulut 6.5 2,481 53 284,8 Jm8-2 sulut 14.1 2,422 55 455,2 Jm9-1 sulut 11.3 2,506 51 379,54 Jm9-2 sulut 19 2,550 55 563 Jm10-1 sulut 17 2,237 55 519 Jm10-2 sulut 10.2 2,147 53 363,24 Jm12-1 sulut 20.5 2,228 55 596 Jm12-2 sulut 16.3 2,203 55 503,6 Jm13-1 sulut 17 2,112 55 519 Jm13-2 sulut 12.8 2,438 55 426,6 Jm14-1 sulut 8.2 1,755 53 320,84 Jm14-2 sulut 17.5 2,518 55 530 Jm15-1 sulut 11.4 1,932 53 388,68 Jm15-2 sulut 29 2,417 55 783 Jm17-1 sulut 11.1 1,873 53 382,32 Jm17-2 sulut 8.1 2,282 55 323,2 Jm20 sulut 8.8 1,902 53 333,56 Keterangan : Jp4 : nomor sampel Jabon Putih Jm17-2 : sulaman nomor sampel Jabon Merah SumSel : Sumatera Selatan SulUt : Sulawesi Utara Semua sampel diencerkan (dilusi) menjadi 2,5 ng/µl Purifikasi dilakukan dengan Gene Clean III Kit (Q-bio). Bahan yang digunakan untuk purifikasi adalah NaI, silica, dan etanol (New Wash). Senyawa NaI berfungsi memisahkan DNA dari kontaminan, sedangkan silica berfungsi untuk mengikat DNA dari larutan. . Kualitas DNA dapat ditentukan dengan cara menghitung rasio antara nilai À260 dan À280 pada sampel DNA. DNA dinyatakan murni jika memiliki nilai rasio À260/À280 berkisar antara 1,8–2,0 (Muladno, 2002). Devereux dan Wilkinson (2004) menyatakan bahwa rasio À260/À280 < 1,8 menunjukkan adanya kontaminasi fenol atau protein pada hasil ekstraksi. Khosravinia et al. (2007) juga menjelaskan bahwa DNA dikatakan terkontaminasi RNA jika memiliki rasio À260/À280 > 2,0. DNA hasil purifikasi pada rasio berkisar antara 1, 478-2,554. Hal ini menunjukkan bahwa ada beberapa DNA sampel yang masih terkontaminasi oleh fenol, protein, dan RNA. Seleksi Primer Primer yang digunakan untuk analisis RAPD pada tanaman jabon sebanyak 8 buah. Kriteria primer yang dapat digunakan untuk analisis RAPD adalah primer yang menghasilkan pita-pita polimorfik dan jelas; memiliki reproduksibilitas baik; menghasilkan amplifikasi pita DNA relatif stabil dan mudah dibaca. (Williams et al. 1990). Dari 16 primer yang diskrin, dihasilkan 8 primer yang memenuhi kriteria dan dapat digunakan untuk analisis RAPD (Tabel 4.2.). Tabel 4.2. Daftar primer yang digunakan untuk analisis RAPD No. Primer Sekuens 5’-3’ Kandungan G+C Lokus (bp) 1. OPA1 CAGGCCCTTC 70% 400, 450, 500, 600, 630 2. OPA4 AATCGGGCTG 60% 400, 450, 500, 550, 600,700 3. OPA12 TCGGCGATAG 60% 230, 250, 350, 390, 420, 450, 500, 690, 710, 850, 900 4. OPA14 TCTGTGCTGG 60% 350, 390, 400, 420, 500 5. OPA16 AGCCAGCGAA 60% 350, 390, 450, 490, 510, 620, 700, 800, 990 6. OPQ14 GTTGCGATCC 60% 360, 400, 490, 600, 700, 800, 890, 990 7. OPQ15 GGACGCTTCA 60% 500, 580, 640, 720 8. OPQ16 GGGTAACGTG 60% 200, 300, 350, 420, 500, 630, 760 Keterangan : bp : base pair Primer yang menghasilkan jumlah pita terbanyak adalah OPA12. Ketidakmunculan pita amplifikasi pada beberapa primer dikarenakan urutan basa nukleotida dari primer-primer tersebut bukan merupakan komplemen dari basa nukleotida pada cetakan DNA. Keragaman genetik antar Populasi Jabon Putih dan Jabon Merah Hasil analisis POPGENE menunjukkan bahwa jarak genetik antar populasi Jabon Putih dan Jabon Merah adalah 0,49 dan nilai kemiripan genetik antara keduanya adalah 0,61. Hal ini sejalan dengan pengamatan morfologi yang dilaporkan oleh Halawane et al. (2011) dimana hanya terdapat sedikit perbedaan antara kedua jenis Jabon tersebut. Analisis RAPD menunjukkan adanya keragaman genetik pada Jabon Putih dan Jabon Merah. Primer yang menunjukkan adanya keragaman genetik antara kedua jenis Jabon tersebut adalah OPA1, OPA4, OPA14, OPA16, OPQ15, dan OPQ16. Profil RAPD Jabon Putih dan Jabon Merah yang diamplifikasi dengan menggunakan primer OPA 1 dan OPA 12 dapat dilihat pada gambar 4.1. Penelitian ini menunjukkan bahwa terdapat alel spesifik baik pada Jabon Putih maupun Jabon Merah. Jabon Putih menunjukkan 3 alel spesifik, sedangkan pada Jabon Merah ditemukan 7 alel spesifik seperti terlihat pada Tabel 4.3. Muladno (2002) menyatakan bahwa adanya alel-alel spesifik menunjukkan bahwa kultivar tersebut mempunyai fenotip khas, karena penanda molekuler sering berada didekat gen. Tabel 4.3. Hasil skoring pita-pita RAPD pada populasi Jabon Putih dan Jabon Merah menggunakan 8 primer hasil skrining Primer Length (bp) Jabon Putih Jabon Merah OPA1 400 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 450 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 500 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 OPA1 600 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 630 1 1 1 1 1 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 OPA4 400 0 0 0 0 0 0 . 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 450 0 0 0 0 0 0 . 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 500 1 1 1 1 1 1 . 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 550 0 0 0 0 0 0 . 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 600 0 0 0 1 1 0 . 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 700 1 1 1 1 1 1 . 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 1 0 0 0 0 1 1 OPA12 230 0 0 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 250 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 350 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 390 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 420 1 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 450 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 500 1 0 0 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 690 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 710 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 850 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 900 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 OPA14 350 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 390 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 400 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 420 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 500 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 OPA16 350 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 390 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 450 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 0 0 0 1 1 0 490 0 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 OPA16 510 1 0 1 1 1 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 620 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 700 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 800 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 990 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 OPQ14 360 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 0 400 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 490 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 600 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 700 0 0 1 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 800 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 890 0 0 1 1 1 1 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 990 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 OPQ15 500 0 0 . 0 0 0 . 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 580 1 1 . 1 1 1 . 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 640 0 0 . 0 0 0 . 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 720 0 0 . 1 1 1 . 0 0 1 1 1 1 1 0 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 OPQ16 200 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 300 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 350 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 420 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 500 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1 1 1 1 630 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 760 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 Keterangan : warna hijau adalah tanda bahwa jenis tersebut merupakan alel spesifik. Keragaman Genetik dalam Populasi Jabon Putih Hasil analisis keragaman genetik menurut Nei (1972) dalam populasi Jabon Putih adalah sebesar 0,21. Hasil analisis RAPD populasi Jabon Putih dengan menggunakan 8 primer menghasilkan 36 pita polimorfik (65,5%) dari 55 pita yang diamati. Pita yang dihasilkan dari setiap primer berkisar 4-11 pita DNA. Pemilihan primer pada analisis RAPD berpengaruh terhadap polimorfisme pita yang dihasilkan, karena setiap primer mempunyai situs penempelan tersendiri. Akibatnya pita DNA polimorfik yang dihasilkan setiap primer menjadi berbeda, baik dalam ukuran maupun jumlah pita (Tabel 4.4). Tabel 4.4. Persentase Jumlah Pita DNA Polimorfik Jabon Putih No. Primer Jumlah pita polimorfik Jumlah pita monomorfik Total 1. OPA1 2 3 5 2. OPA4 4 2 6 3. OPA12 11 0 11 4. OPA14 3 2 5 5. OPA16 5 4 9 6. OPQ14 4 4 9 7. OPQ15 2 2 4 8. OPQ16 5 2 7 Total 36 19 55 Persentase 65, 5% 34,5% 100% Profil RAPD Jabon Putih yang diamplifikasi dengan menggunakan primer OPA 16 dapat dilihat pada gambar 4.2. Keragaman genetik dalam populasi Jabon Merah Nilai keragaman genetik menurut Nei (1972) dalam populasi Jabon Merah adalah sebesar 0,15. Hasil pengamatan profil RAPD menunjukkan bahwa dari 55 pita yang diamati, 24 (43,6%) diantaranya polimorfik. lihat pada Tabel 4. 5. Tabel 4.5. Persentase Jumlah Pita DNA Polimorfik Jabon Merah No. Primer Jumlah pita polimorfik Jumlah pita monomorfik Total 1. OPA1 1 4 5 2. OPA4 4 2 6 3. OPA12 0 11 11 4. OPA14 1 4 5 5. OPA16 7 2 9 6. OPQ14 7 1 8 7. OPQ15 2 2 4 8. OPQ16 2 5 7 Total 24 31 55 Persentase 43,6% 56,4% 100% Profil RAPD Jabon Merah yang diamplifikasi dengan menggunakan primer OPA 4 dapat dilihat pada gambar 4.3. SIMPULAN Penelitian ini menghasilkan beberapa temuan yaitu : 1. Primer yang dapat digunakan untuk analisis RAPD Jabon Merah dan Jabon Putih adalah OPA 1, OPA 4, OPA 12, OPA 14, OPA 16, OPQ 14, OPQ 15, dan OPQ 16. 2. Jabon Putih memiliki 3 buah alel spesifik, sedangkan Jabon Merah memiliki 7 alel spesifik. 3. Nilai jarak genetik antara Jabon Putih dan Jabon Merah adalah 0,49. Nilai keragaman genetik dalam populasi Jabon Putih adalah 0,21 dan dalam UCAPAN TERIMAKASIH Penulis menyampaikan terima kasih kepada Dr. ILG. Nurtjahjaningsih, S.Si, M.Sc, Ph.D. sebagai pembimbing lapangan dan rekan-rakan selama penelitian di Laboratorium Genetika Molekuler BBPBPTH Yogyakarta DAFTAR PUSTAKA Bustamam, M., dan S. Moeljopawiro. 1993. RFLP-RAPD dan Aplikasinya dalam Bidang Pertanian. Pelatihan Kursus Biologi Molekuler. Pasuruan. Devereux, R. & S.S. Wilkinson. 2004. Amplification of Ribosomal RNA Sequences. Kluwer Academic Publisher, Netherlands. Halawane, J.E., Hidayah, H.N. dan Kinho J. 2011. Prospek Pengembangan Jabon Merah Anthocephalus macrophyllus (roxb.) Havil Solusi Kebutuhan Kayu Masa Depan. Balai Penelitian Kehutanan Manado Badan Penelitian dan Pengembangan Kehutanan Kementrian Kehutanan, Manado. Kaidah, S., dan Suprapto. 2003. Penentuan Metode Isolasi DNA Tanaman Salak Komersial. Bulletin Penelitian 7 : 55-56. Khosravinia, H., H.N.N. Murthy, D.T. Parasad, & N. Pirany. 2007. Optimizing Factors Influencing DNA Extraction from Fresh Whole Avian Blood. African Journal of Biotechnology. 6 (4) : 481-486. Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Pustaka Wirausaha Muda. Bogor. Rimbawanto, A dan Suharyanto. 2005. Keragaman Genetik Populasi Shorea leprosula Miq. dan Implikasinya untuk program konservasi genetik. Dalam : Hardiyanto E.B (ed). Prosiding Seminar Nasional Peningkatan Produktivitas Hutan-Peran Konservasi Sumber Daya Genetik, Pemuliaan dan Silvikultur dalam Mendukung Rehabilitasi Hutan. Fakultas Kehutanan UGM dan Internasional Tropical Timber Organization. Yogyakarta. Rosalia, N. 2008. Penyebaran dan Karakteristik Tempat Tumbuh Pohon Tembesu (Fragraea fragrans Roxb.) : Studi Kasus di Kawasan Taman Nasional Danau Sentarum Kapuas Hulu Kalimantan Barat. Skripsi Institut Pertanian Bogor. Bogor. Soerianegara and R. H. M. J. Lemmens. 1994. Plant Resources of South-East Asia (PROSEA). Timber trees : Major Commercial Timbers 5 (1) 102-108. Bogor. Williams, J. G. K., A. R. Kubelik, K. J. Livak, J. A. Ravalski, and S. V. Tingey. 1990. DNA Polymorphisms amplified by arbitrary primer are useful as genetic markers. Nucleic Acids Research 18 (22): 6531-6535. |
| Kata kunci | Keywords: Neolamarckia sp., specific allel, genetic diversity, RAPD markers, polymorphic. |
| Pembimbing 1 | Ir. Alice Yuniaty, M.Sc. Ph.D. |
| Pembimbing 2 | Dr. Pudji Widodo, M.Sc. |
| Pembimbing 3 | ILG. Nurtjahjaningsih, S. Si., M.Sc., Ph. |
| Tahun | 2015 |
| Jumlah Halaman | 10 |
| Tgl. Entri | 2015-01-06 19:28:13.269087 |