Artikel Ilmiah : B1J010232 a.n. RIO RAKHMANANDIKA SAPUTRA
| NIM | B1J010232 |
|---|---|
| Namamhs | RIO RAKHMANANDIKA SAPUTRA |
| Judul Artikel | Analisis Keragaman Genetik Anopheles vagus pada daerah Internal Transcribed Spacer-2 ribosomal DNA dari beberapa wilayah di Indonesia |
| Abstrak (Bhs. Indonesia) | Anopheles vagus merupakan salah satu spesies nyamuk yang berpotensi menyebabkan penyakit malaria karena nyamuk ini bersifat zooantropophilic dan membawa Plasmodium spp. Habitat An. vagus secara alami adalah di daerah persawahan dan diketahui tersebar di beberapa wilayah di Indonesia. Identifikasi spesies dapat dilakukan secara morfologi dan molekuler. Identifikasi morfologi dilakukan dengan melihat bagian-bagian tubuh nyamuk seperti kepala, palpi, kosta, sayap dan kaki menggunakan mikroskop stereo, sedangkan identifikasi molekuler dapat dilakukan dengan membandingkan daerah lestari (conserved) ITS-2 rDNA pada setiap individu. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui keragaman genetik An. vagus pada daerah ITS-2 rDNA dari berbagai wilayah di Indonesia dengan membandingkan hasil analisis pada GenBank dan mengetahui hubungan filogenetik An. vagus dari berbagai wilayah di Indonesia. Metode yang digunakan adalah studi cross-sectional (observational) dengan pengambilan sampel sebanyak satu kali menggunakan umpan manusia dan hewan. Kemudian spesies An. vagus dipisahkan dengan spesies lain dan dilakukan ekstraksi dan amplifikasi serta sekuensing DNA hingga didapat hasil berupa urutan DNA beberapa sampel nyamuk. Selanjutnya, hubungan keragaman genetik An. vagus dianalisis dengan membandingkan berupa urutan DNA sampel satu dengan lainnya. Pada penelitian ini variabel bebas ialah urutan basa nukleotida (DNA) pada daerah ITS-2 rDNA, sedangkan variabel tergantung ialah hubungan filogenetik spesies An. vagus pada wilayah berbeda. Parameter yang diamati dalam penelitian ini adalah kemiripan urutan basa nukleotida (sekuen DNA) dengan basis data (data base) NCBI yang meliputi ukuran sekuen DNA dan nama spesies. Hasil dari penelitian ini menunjukkan terdapat dua tipe dari 67 sampel yang tersedia. Nilai keragaman genetik dari kedua tipe tersebut adalah 9,5%. Disamping itu, panjang basa pada sampel mencapai 688 bp, sedangkan pada GenBank mencapai 657 bp. Hal ini menunjukkan adanya perbedaan komposisi basa nitrogen antara sampel dan GenBank dengan nomor akses FJ654649.1. |
| Abtrak (Bhs. Inggris) | Anopheles vagus is a one of mosquitoes species that can cause malaria disease because it is a zooantropophilic that carries Plasmodium spp. An. vagus has a natural habitat in rice field and spread in some regions in Indonesia. Species identification can done based on morphology and molecular study. Morphology identification uses the body parts such as head, palpi, costae, wing and leg under stereo microscope. Molecular identification can be done by comparing the conserved region of ITS-2 rDNA in every species. The aims of this research were to know the genetic diversity of An. vagus in ITS-2 rDNA region from some different regions in Indonesia by comparing analysis result in GenBank and to know phylogenetic relationships An. vagus from some different regions in Indonesia. The method that used was a cross-sectional study (observational) with the sampling was taken once using humans and animals as baits. Then, genetic diversity of An. vagus was compared each other. The independent variable was a nucleotide base sequence (DNA) in ITS-2 rDNA region, and the dependent variable was a phylogenetic relationships of An. vagus species in different regions in Indonesia. Parameter observed in this research were DNA sequence similarity with NCBI data base included DNA sequence size and species name. The result showed that there were two types from 67 samples. Genetic diversity value from both type was 9,5%. Beside that, base length in samples was up to 688 bp, while data from GenBank was up to 657 bp. There was a difference in nitrogen base composition between samples and GenBank with accession number of FJ654649.1. |
| Kata kunci | keragaman genetik, Anopheles vagus, daerah ITS-2 rDNA |
| Pembimbing 1 | Drs. Adi Amurwanto, M.Sc. |
| Pembimbing 2 | Ismail Ekoprayitno Rozi, M. Eng. |
| Pembimbing 3 | Dr. Daniel Joko Wahyono, M.Biomed. |
| Tahun | 2014 |
| Jumlah Halaman | 8 |
| Tgl. Entri | 2014-11-20 17:30:10.84243 |