Update Artikelilmiah: 54865

UMI LATIFAH HASNA

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Legionella merupakan genus bakteri patogen perairan penyebab legionellosis dengan tingkat fatalitas tinggi, terutama pada kelompok berisiko. Peningkatan kasus global dan nasional mendorong kebutuhan deteksi molekuler cepat melalui End-Point PCR. Ekstraksi DNA menjadi tahap krusial karena kualitas dan kuantitas templat menentukan keberhasilan amplifikasi bakteri tersebut. Ketersediaan metode ekstraksi DNA, mulai dari spin column (manual) hingga magnetic beads (otomatis), memberikan pilihan bagi laboratorium biomedis untuk menyesuaikan prosedur ekstraksi dengan kebutuhan diagnostik masing-masing. Kedua metode tersebut memiliki prinsip kerja yang berbeda sehingga berpotensi menghasilkan kualitas dan kuantitas DNA yang bervariasi, yang pada akhirnya turut memengaruhi keberhasilan amplifikasi patogen tersebut melalui End-Point PCR. Penelitian ini bertujuan membandingkan kualitas DNA, kuantitas DNA, dan keberhasilan amplifikasi Legionella sp. menggunakan End-Point PCR dari hasil ekstraksi berbasis magnetic beads (otomatis) dan spin column (manual).

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif cross-sectional dengan desain sampel berpasangan yang melibatkan 40 sampel, terdiri atas 38 sampel klinis Legionella sp. dan 2 kontrol negatif ekstraksi. Parameter yang dianalisis meliputi kualitas DNA (rasio A260/A280), kuantitas DNA (ng/µL), dan hasil amplifikasi PCR. Data kualitas dan kuantitas DNA dianalisis menggunakan uji Shapiro–Wilk dan Wilcoxon Signed-Rank Test, sedangkan hasil amplifikasi PCR dianalisis menggunakan uji Cohen’s kappa untuk menilai kesesuaian antara kedua metode ekstraksi, dengan taraf signifikansi 0,05. Hasil penelitian diharapkan memberikan dasar pemilihan metode ekstraksi DNA yang optimal untuk mendukung deteksi molekuler Legionella sp. di laboratorium diagnostik.

Hasil pengukuran kualitas DNA menunjukkan bahwa rasio kemurnian DNA (A260/A280) tidak berbeda (p = 0,301) antara metode ekstraksi magnetic beads (1,636 ± 0,107) dan spin column (1,599 ± 0,177). Hasil pengukuran kuantitas DNA menunjukkan perbedaan signifikan (p = 0,001**), dengan metode magnetic beads menghasilkan konsentrasi rata-rata lebih tinggi (2,534 ± 2,166 ng/µL) dibandingkan metode spin column (1,239 ± 2,372 ng/µL). Amplifikasi End-Point PCR dengan target gen ssrA (101 bp) berhasil mendeteksi Legionella sp. pada 38 sampel klinis (100%) dari total 40 sampel, sedangkan 2 sampel lainnya merupakan kontrol negatif ekstraksi yang menunjukkan hasil negatif. Uji Cohen’s Kappa menunjukkan keselarasan sempurna antara kedua metode (κ = 1,000; p < 0,001) dalam hasil deteksi Legionella sp. Temuan ini menunjukkan bahwa metode ekstraksi magnetic beads unggul dalam kuantitas DNA, namun kedua metode memiliki reliabilitas setara dalam mendukung keberhasilan deteksi Legionella sp. melalui End-Point PCR.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Legionella is a genus of waterborne pathogenic bacteria that causes legionellosis, a disease with a high fatality rate, particularly among high-risk populations. The increasing incidence of legionellosis globally and nationally highlights the need for rapid molecular detection using End-Point PCR. DNA extraction is a critical step because the quality and quantity of DNA templates can affect bacterial amplification. The availability of DNA extraction methods, ranging from manual spin column to automated magnetic beads, provides laboratories with alternatives that can be adapted to diagnostic needs. This study aimed to compare DNA quality, DNA quantity, and the amplification success of Legionella sp. using End-Point PCR from DNA extracted using automated magnetic beads and manual spin column methods.

This study employed a descriptive cross-sectional design with a paired-sample approach involving 40 samples, consisting of 38 clinical samples and 2 negative extraction controls. The analyzed parameters included DNA quality (A260/A280 ratio), DNA quantity (ng/µL), and PCR amplification results. DNA quality and quantity were analyzed using the Shapiro–Wilk test and Wilcoxon Signed-Rank Test, while PCR amplification results were analyzed using Cohen’s kappa to assess agreement between the two extraction methods, with a significance level of 0.05.

The results of DNA quality measurements showed no significant difference (p = 0.301) in DNA purity (A260/A280 ratio) between the magnetic beads (1.636 ± 0.107) and spin column (1.599 ± 0.177) extraction methods. DNA quantity measurements showed a significant difference (p = 0.001**), with the magnetic beads method producing a higher mean DNA concentration (2.534 ± 2.166 ng/µL) than the spin column method (1.239 ± 2.372 ng/µL). End-Point PCR amplification targeting the ssrA gene (101 bp) successfully detected Legionella sp. in all 38 clinical samples (100%), while the other 2 samples were extraction negative controls that showed negative results. Cohen’s Kappa analysis showed perfect agreement between the two methods (κ = 1.000; p < 0.001) in the detection of Legionella sp. These findings indicate that the magnetic beads extraction method was superior in terms of DNA quantity, while both methods demonstrated equivalent reliability in supporting the successful detection of Legionella sp. using End-Point PCR.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman