Update Artikelilmiah: 49198

KENEZIA PAULINA ALFONS

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Human Immunodeficiency Virus (HIV) menghadirkan tantangan berkelanjutan karena variabilitas genetik dan resistensi obatnya yang tinggi, terutama pada kasus viral load (LVL) rendah (<10.000 kopi/mL) yang sulit dideteksi mutasi resistensinya. Studi ini mengevaluasi kelayakan penggunaan sekuensing Nanopore untuk mendeteksi resistensi obat dalam sampel plasma LVL. Sepuluh sampel HIV-1-positif dikumpulkan dari RSPI Sulianti Saroso menggunakan purposive sampling, dengan RNA virus diekstraksi, ditranskripsi balik, dan diamplifikasi menggunakan PCR bersarang yang menargetkan daerah konservatif. Kualitas dan konsentrasi DNA dinilai menggunakan NanoDrop dan Qubit, dan sampel yang memenuhi syarat diurutkan pada platform GridION menggunakan kit SQK-NBD114.24 dari Oxford Nanopore Technologies. Meskipun skor Q rata-rata rendah (~7,78), cakupan tinggi diperoleh dalam sembilan dari sepuluh sampel, memungkinkan identifikasi mutasi resistensi yang andal dan informatif pada beberapa posisi penting dalam genom HIV yang relevan secara klinis. Protokol PCR bersarang berhasil menghasilkan konsentrasi cDNA yang cukup pada semua sampel, menunjukkan kesesuaian metode ini untuk RNA dengan input rendah dari plasma pasien. Hasil ini menunjukkan bahwa kedalaman pembacaan yang tinggi mampu mengkompensasi akurasi pemanggilan basa Nanopore yang rendah, memungkinkan genotipe resistensi yang efektif bahkan dalam konteks LVL yang menantang dan terbatas. Disarankan agar urutan konsensus dianalisis menggunakan Canu, Racon, dan Medaka, kemudian dievaluasi dengan Stanford HIV Drug Resistance Database serta panel Kontrol Kualitas WHO untuk menilai mutasi resistensi dan akurasi sekuensing secara menyeluruh. Studi ini menyoroti sekuensing Nanopore sebagai pendekatan yang menjanjikan untuk pemantauan resistensi obat HIV secara rutin pada tahap awal pengobatan atau di pengaturan dengan sumber daya terbatas, selama protokol amplifikasi dan pustaka dioptimalkan dengan baik dan konsisten.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Human Immunodeficiency Virus (HIV) presents ongoing challenges due to its high genetic variability and drug resistance, especially in low viral load (LVL) cases (<10,000 copies/mL) where detecting resistance mutations is technically difficult. This study evaluated the feasibility of using Oxford Nanopore sequencing to detect drug resistance mutations in LVL plasma samples. Ten HIV-1–positive samples were collected from RSPI Sulianti Saroso using purposive sampling. Viral RNA was extracted, reverse-transcribed, and amplified using nested PCR targeting conserved genome regions. DNA purity and concentration were assessed using NanoDrop and Qubit. Samples that met input quality thresholds were barcoded and sequenced on the GridION platform using the SQK-NBD114.24 kit. Consensus sequences were generated using Canu, Racon, and Medaka, then analyzed with the Stanford HIV Drug Resistance Database and WHO Quality Control panel to identify resistance mutations and assess sequencing accuracy. Despite relatively low Q scores (~7.78), high coverage was obtained in nine of ten samples, enabling reliable resistance mutation detection at key genomic sites. The nested PCR protocol successfully yielded sufficient cDNA in all samples, demonstrating suitability for low-input RNA from patient plasma. These findings show that increased read depth can offset lower Nanopore basecalling accuracy, enabling accurate genotyping even in challenging LVL contexts. It is recommended that future applications adopt this workflow, ensuring that only qualifying samples undergo sequencing with optimized amplification and library preparation. Overall, the study supports Oxford Nanopore sequencing as a promising tool for routine HIV drug resistance surveillance in early treatment or resource-limited settings, provided protocols are carefully refined for low-concentration clinical specimens.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman