Home
Login.
Artikelilmiahs
41417
Update
LILY VIONA SINAGA
NIM
Judul Artikel
STUDI POTENSI SENYAWA ANDROGRAFOLIDA DAN TURUNANNYA SEBAGAI INHIBITOR PROTEIN DNMT1 DAN LSD1 PADA TERAPI TALASEMIA BETA SECARA MOLECULAR DOCKING
Abstrak (Bhs. Indonesia)
Latar Belakang : Talasemia beta merupakan penyakit yang ditandai dengan berkurangnya produksi beta globin. Andrografolida dan turunannya dilaporkan memiliki aktivitas terhadap talasemia beta. Penelitian dilakukan untuk mengetahui energi dan jenis ikatan andrografolida dan turunannya pada DNMT1 (3SWR) dan LSD1 (6KGP) secara molecular docking. Metodologi : Struktur DNMT1 dan LSD1 diunduh dari PDB dan ligan dari Pubchem, optimasi menggunakan Avogadro, preparasi menggunakan AutoDock Tools, validasi dan penambatan ligan pada protein target menggunakan AutoDock Vina, perhitungan RMSD menggunakan PyMOL, dan visualisasi menggunakan BIOVIA. Hasil Penelitian : Nilai energi ikatan (kkal/mol) terendah terhadap DNMT1 terdapat pada neoandrografolida (-9,5). Nilai ini lebih rendah daripada ligan natif sinefungin (-9,0), 5-azacitidine (-7), dan decitabine (-6,6). Nilai energi ikatan terendah terhadap LSD1 terdapat pada 14-asetilandrografolida (-9,1). Nilai ini lebih rendah daripada tranylcypromine (-6) tetapi tidak lebih rendah daripada ligan natif FAD (-16,2). Neoandrografolida berikatan pada sisi aktif DNMT1 yaitu GLY1147, ASN1578, PHE1145, MET1169, PHE1145, GLY1150, VAL1580, dan PHE1145. 14-asetilandrografolida berikatan pada sisi aktif LSD1 yaitu LYS661. Kesimpulan : Neoandrografolida berpotensi dalam menghambat DNMT1 dibandingkan dengan kontrol positif.
Abtrak (Bhs. Inggris)
Background : Beta-thalassemia is a disease characterized by reduced production of beta-globin. Andrographolide and its derivatives have been reported to exhibit activity against beta-thalassemia. The research was conducted to determine the energy and types of binding of andrographolide and its derivatives to DNMT1 (3SWR) and LSD1 (6KGP) by molecular docking. Methods : DNMT1 and LSD1 structures were downloaded from PDB and ligands from Pubchem, optimation using Avogadro, preparation using AutoDock Tools, validation and molecular docking of ligands with target proteins using AutoDock Vina, RMSD calculation using PyMOL, and visualization using BIOVIA. Results : The lowest binding energy value (kkal/mol) against DNMT1 was found in neoandrographolide (-9.5). It is lower than the native ligands sinefungin (-9.0), 5-azacitidine (-7), and decitabine (-6.6). The lowest binding energy value against LSD1 was found in 14-acetylandrographolide (-9.1). It is lower than tranylcypromine (-6) but not lower than the native ligand FAD (-16.2). Neoandrographolide binds to the active site of DNMT1, namely GLY1147, ASN1578, PHE1145, MET1169, PHE1145, GLY1150, VAL1580, and PHE1145. 14-acetylandrographolide binds to the active site of LSD1, namely LYS661. Conclusion : Neoandrographolide has the potential to inhibit DNMT1 compared to the positive control.
Kata kunci
Pembimbing 1
Pembimbing 2
Pembimbing 3
Tahun
Jumlah Halaman
Save