Update Artikelilmiah: 40558

SAFIRA FITRI

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Ekstraksi DNA adalah rangkaian proses untuk memisahkan DNA dari komponen-komponen sel lainnya seperti protein, karbohidrat, lemak, dan lain-lain.  Ekstraksi menjadi langkah awal yang penting dalam penelitian molekuler untuk mendapatkan isolat DNA. Isolat yang diekstrak diharapkan mempunyai kualitas optimal. Sebelumnya pernah dilakukan optimasi awal terkait pretreatment suhu oleh RSPI Sulianti Saroso pada ekstraksi DNA M. tuberculosis dengan metode manual. Pretreatment menggunakan pemanasan pada suhu 950C selama 30 menit mendapatkan hasil kualitas DNA yang optimal. Metode ekstraksi DNA pada M. tuberculosis perlu ditambah pretreatment pemanasan pada suhu 950C, karena bakteri ini memiliki struktur dinding sel yang mengandung asam mikolat yang berbeda dengan bakteri lain. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh suhu pretreatment pada metode ekstraksi M. tuberculosis terhadap kualitas DNA untuk pemeriksaan WGS. Desain penelitian ini adalah deskriptif analitis dengan metode ekstraksi berbasis kit dari ExiPrepTM Dx Myobacteria Genomic DNA Kit (K-4418), Bioneer. Hasil penelitian ini adalah kemurnian DNA tidak berbeda (nilai p=0,959) antara perlakuan pretreatment pemanasan 95oC (2,88) dengan tanpa pemanasan 95oC (2,46). Konsentrasi DNA tidak berbeda (nilai p= 0,111) antara perlakuan pretreatment pemanasan 95oC (0,416 ng/µL) dengan tanpa pemanasan 95oC (0,653 ng/µL). Hasil konsentrasi DNA yang relatif rendah menyebabkan tidak tervisualisasi pita DNA pada elektroforesis gel agarosa (0,8%). Oleh karena itu, perlakuan pretreatment  95oC tidak berpengaruh terhadap kemurnian dan konsentrasi DNA M. tuberculosis. Hasil penelitian ini akan dilanjutkan ke tahap sekuensing (WGS), karena protokol WGS dengan kit Ilumina yang memberikan toleransi kemurnian DNA berkisar 1,6-2,2 dan konsentrasi DNA sebesar 0,03 ng/µL.

Abtrak (Bhs. Inggris)

DNA extraction is a series of processes to separate DNA from other cell components such as proteins, carbohydrates, fats, and others. Extraction is an important first step in molecular research to obtain DNA isolates. The extracted isolates are expected to have optimal quality. Previously related initial optimization has been carried out pretreatment temperature by RSPI Sulianti Saroso on DNA extraction M. tuberculosis by manual method.Pretreatment using heating at a temperature of 950C for 30 minutes to get optimal DNA quality results. DNA extraction method on M. tuberculosis need to be added pretreatment heating at a temperature of 950C, because this bacterium has a cell wall structure containing mycolic acid that is different from other bacteria. The purpose of this study was to determine the effect of temperature pretreatment on the extraction method M. tuberculosis on the quality of DNA for WGS examination. The research design was analytical descriptive with a kit-based extraction method from ExiPrepTM Dx Myobacteria Genomic DNA Kit (K-4418), Bioneer. The results of this study were that DNA purity did not differ (p=0.959) between the pretreatment heating 95OC (2,88) with no heating 95OC (2.46). DNA concentration did not differ (p value = 0.111) between pretreatment heating 95OC (0.416 ng/µL) with no heating 95OC (0.653 ng/µL). The relatively low DNA concentration resulted in the DNA bands not being visualized on agarose gel electrophoresis (0.8%). Hence, pretreatment 95OC has no effect on the purity and concentration of DNA M. tuberculosis. The results of this study will proceed to the sequencing stage (WGS), because the WGS protocol with the Ilumina kit provides a tolerance for DNA purity ranging from 1.6 to 2.2 and a DNA concentration of 0.03 ng/µL.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman