Update Artikelilmiah: 32180

AYU AZIZAH NURMALA

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Peningkatan ekspresi protein HER-2 sebesar 40-100 kali lipat menghasilkan permukaan sel tumor yang mengandung sekitar dua juta reseptor.  Senyawa turunan flavonoid dari genus Artocarpus diketahui memiliki aktivitas sitotoksik. Penelitian ini bertujuan melakukan skrining virtual terhadap 59 senyawa turunan flavonoid tersebut melalui metode penambatan molekul sehingga dapat dijadikan dasar unntuk pengembangan obat baru. Penelitian ini merupakan penelitian teoritikal yang dilakukan dengan empat tahap. Pertama, preparasi ligan dan protein dalam bentuk format file pdb dan pdbqt. Kedua, validasi metode dengan menambatkan kembali ligan natif kepada protein untuk memperoleh file konfigurasi yang tervalidasi berdasarkan nilai RMSD. Ketiga, penambatan molekul senyawa uji dan kontrol pada protein untuk menghasilkan energi ikatan. Keempat, visualisasi hasil penambatan untuk menganalisis jenis interaksi yang terjadi. ACP51 menghasilkan nilai energi ikatan terendah sebesar -11.2 kkal/mol, sementara senyawa kontrol lapatinib sebesar -10.7 kkal/mol. Pada visualisasi penambatan, terjadi interaksi ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik pada senyawa ACP51 dengan melibatkan asam amino LYS753 yang diketahui merupakan sisi aktif dari protein HER-2. Senyawa ACP51 secara in silico menunjukkan hasil yang paling baik.

Abtrak (Bhs. Inggris)

A 40-100-fold increase in HER-2 protein expression results in tumor cell surfaces containing approximately two million receptors. Flavonoid-derived compounds of the genus Artocarpus are known to have cytotoxic activity. This study aims to conduct a virtual screening of 59 flavonoid derivative compounds through molecular docking methods so that it can be used as the basis for the development of new drugs. This the theoretical research was conducted in four stages. First, ligands and protein were prepared and then saved in pdbqt extention file. Second, the method was validated by re-docking native ligand to the protein and the RMSD value would be obtained. Third, the test and control compounds were docked to the protein to produce bonding energy. Fourth, visualization the docking results were analyzed. ACP51 produced the lowest bond energy value of -11.2 kcal/mol, while lapatinib control compound is -10.7 kcal/mol. In the docking visualization, hydrogen bond interactions and hydrophobic interactions occur in ACP51 compound involving the amino acid LYS753 which is known to be the active site of the HER-2 protein. The ACP51 compound in silico shows the best results.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman