Update Artikelilmiah: 32090

SEKAR CAHYO NURANI

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Latar Belakang: Beta talasemia adalah penyakit herediter yang ditandai dengan menurunnya produksi beta-globin. 6-shogaol dan kurkumin diketahui dapat meningkatkan kadar HbF dengan penghambatan ekspresi dari mRNA STAT3 pada sel K562. Penelitian ini bertujuan untuk melihat interaksi 6-shogaol dan kurkumin pada protein DNMT1 (3SWR) dan LSD1 (6KGP) in silico.
Metodologi: Preparasi protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul protein dan ligan natif dalam file PDB terpisah. Protein ditambatkan dengan ligan natif dan mendapatkan koordinat grid box. Nilai RMSD ditentukan dari hasil penambatan tersebut. Penambatan senyawa uji dengan protein dilakukan menggunakan koordinat hasil validasi yang valid. Konformasi dengan energi terendah telah divisualisasi. 
Hasil Penelitian: Validasi menunjukkan nilai RMSD yaitu 0,861 Å (DNMT1) dan 1,410 Å (LSD1). Energi ikatan terendah pada protein DNMT1 yaitu -6,5 kkal/mol pada 6-shogaol dan -8,0 kkal/mol pada kurkumin. Energi ikatan terendah untuk protein LSD1 yaitu -8,2 kkal/mol untuk senyawa 6-shogaol dan -10,1 kkal/mol untuk senyawa kurkumin. Residu asam amino pada DNMT1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Gly1147; Phe1145; Glu1168; Asn1278; Pro1225; Leu1151; Val1580; Ala1579; Asn1578; Trp1170; Ala1579. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji yaitu Val288; Ser289; Arg310; Gly285; Thr624; Leu659; Lys661; Arg316; Leu625; Tyr761; Trp751; Gly330; Leu659.
Kesimpulan: kurkumin memiliki interaksi yang lebih potensial pada DNMT1 dan LSD1 dibandingkan 6-shogaol.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Background: Beta thalassemia, a hereditary genetic disease, is characterized by low of beta-globin chain production. 6-shogaol and curcumin can induce HbF with inhibit expression of STAT3 mRNA gene. This study aims to predict the interaction 6-shogaol and curcumin on DNMT1 (3SWR) and LSD1 (6KGP). 
Methods: The protein structure was prepared with removing the water molecules. The validation step was performed by separating protein from native ligands in new PDB files. Further, the protein was docked with native ligand to obtain grid box coordinates. RMSD was calculated from conformation of validation process. 6-shogaol and curcumin was docked with coordinates of the validation results. The best conformation was visualized 2D with Discovery Studio. 
Result: RMSD value was 0.861Å for DNMT1 and 1.410Å for LSD1. The lowest energy on DNMT1 was -6.5 kcal/mol for 6-shogaol and -8.0 kcal/mol for curcumin. Lowest binding affinity of LSD1 was -8.2 kcal/mol for 6-shogaol and -10.1 kcal/mol for curcumin. Residues that important on DNMT1 are Gly1147; Phe1145;Glu1168;Asn1278;Pro1225;Leu1151;Val1580;Ala1579;Asn1578;Trp1170;Ala1579. Residues that important on LSD1 are Val288;Ser289;Arg310; Gly285;Thr624;Leu659;Lys661;Arg316;Leu625;Tyr761;Trp751;Gly330;Leu659.
Conclusion: Curcumin have more potential interaction than 6-shogaol on DNMT1 and LSD1.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman