Update Artikelilmiah: 29288

MUHAMMAD ABI RAFDI

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Senyawa turunan isoflavon diketahui memiliki aktivitas antidiabetes dengan menghambat PTP-1B, diantaranya adalah senyawa 6,8-diprenylorobol, Auriculasin, dan Osajin yang memiliki aktivitas biologis terhadap PTP-1B. Penelitian ini bertujuan melakukan pendekatan in silico terhadap ketiga senyawa tersebut dengan metode penambatan molekuler sehingga dapat menjadi dasar untuk pengembangan suatu senyawa baru. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimental yang dilakukan dalam dua tahap. Pertama, validasi metode yang meliputi pengunduhan struktur PTP-1B dari Protein Data Bank, preparasi struktur protein, penambatan kembali dengan Ligan Natif menggunakan AutoDock Vina, dan penghitungan nilai RMSD. Kedua, penambatan molekuler senyawa 6,8-diprenylorobol, Auriculasin, dan Osajin yang meliputi penambatan dengan AutoDock Vina, dan visualisasi penambatan dengan menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2020. Diperoleh nilai energi ikatan dengan rentang -6,5 – -7,8 kkal/mol pada ketiga senyawa tersebut. Pada visualisasi penambatan, terjadi interaksi pada senyawa 6,8-diprenylorobol ikatan hidrogen terhadap Cys215, Gly220, dan Arg221; interaksi elektrostatik terhadap Asp181 dan Arg221; dan interaksi hidrofobik terhadap Tyr46, Arg47, Cys215, dan Ala217. Senyawa Auriculasin memiliki ikatan hidrogen terhadap Ser118; interaksi elektrostatik terhadap Asp48 dan Lys120; dan interaksi hidrofobik pada Phe182, Ala217, dan Ile219. Senyawa Osajin memiliki ikatan hidrogen terhadap Arg221; Pi-Donor Hydrogen Bond terhadap Tyr46; dan interaksi elektrostatik terhadap Tyr46, Cys215, dan Ala217. Senyawa 6,8-diprenylorobol secara in silico menunjukkan hasil yang paling baik, ditunjukkan dengan nilai energi yang rendah dan ikatan dengan residu asam amino paling banyak.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Isoflavone derivative compounds are known to have antidiabetic activity by inhibiting PTP-1B, including 6,8-diprenylorobol compounds, Auriculasin, and Osajin which have biological activity to PTP-1B. This study aims to carry out an in silico approach to these three compounds with molecular docking methods so that it can become the basis for the development of a new compound. This research is experimental research conducted in two steps. First, validation methods include downloading the structure of PTP-1B (4Y14) from the Protein Data Bank, protein structure preparation, re-docking with native ligands using AutoDock Vina, and calculating the RMSD value. Second, 6,8-diprenylorobol, auriculasin, and osajin were docked to the protein by using AutoDock Vina. Then, the docking results were visualized using BIOVIA Discovery Studio 2020. The docking of three compounds to the protein showed bond energy values in the range of -6.5 to -7.8 kcal/mol. 6,8-diprenylorobol interacted to Cys215, Gly220, and Arg221 by hydrogen bonding; to Asp181 and Arg221 by electrostatic interaction; and to Tyr46, Arg47, Cys215, and Ala217 by hydrophobic interaction. Auriculasin has a hydrogen bond to Ser118; electrostatic interaction with Asp48 and Lys120; and hydrophobic interaction with Phe182, Ala217, and Ile219. The Osajin compound has a hydrogen bond with Arg221; Pi-Donor Hydrogen Bond with Tyr46; and electrostatic interactions with Tyr46, Cys215, and Ala217. 6,8-diprenylorobol compounds in silico showed the best results, indicated by the low energy value and binding with the most amino acid residues.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman