Update Artikelilmiah: 16942

SENJA RAHAYU KINANTI

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Kanker payudara merupakan salah satu jenis kanker terbanyak di Indonesia, angka kejadiannya di Indonesia diperkirakan sekitar 12/100.000 wanita. Lebih dari 80% kasus di Indonesia, ditemukan berada pada stadium yang lanjut, dimana upaya pengobatan sulit dilakukan. HER2 merupakan proto-onkogen yang terletak pada kromosom 17q21. Perubahan pada gen HER2 dilaporkan meningkatkan kemampuan transformasi sel normal menjadi sel kanker dengan prognosis yang rendah. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) atau Polimorfisme Nukleotida Tunggal merupakan variasi urutan DNA yang paling sering terjadi pada genom manusia. SNP banyak digunakan sebagai penanda molekuler. SNP Ile655Val merupakan salah satu SNP yang dilaporkan sebagai salah satu biomarker resiko keganasan kanker payudara. 
Laboratorium Biologi Molekuler Kesehatan & Diagnostik (BMKD) LIPI telah berhasil mengembangkan metode deteksi SNP HER2 Ile655Val dengan menggunakan teknik Tm-Shift SYBR Green I real-time PCR. Teknik ini memungkinkan deteksi SNP HER2 dilakukan dengan cepat, menghasilkan data yang high throughput, mudah dan ekonomis. 
Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui performa metode Tm-Shift SYBR Green I Real-Time PCR dalam mendeteksi SNP Ile655Val HER2 Jaringan Kanker Payudara. Parameter yang diguankan untuk mengevaluasi performa metode yang dikembangkan antara lain kurva amplifikasi, kurva leleh dan puncak leleh, kurva standar limit deteksi konsentrasi DNA, pengukuran konsistensi dan presisisi Ct sampel dan Ct NTC serta konfirmasi menggunakan gel agarosa 4,5%. 
	Metode yang dikembangkan cukup efektif dan efisien dalam mendeteksi SNP dengan konsentrasi DNA terendah yang dapat terdeteksi 0,1562 ng/µl. Presisi dan konsistensi dari metode juga cukup tinggi dengan nilai SD dan CV < 10. Hasil konfirmasi menggunakan gel agarosa menunjukkan tidak terjadi separasi alel pada sampel SNP.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Breast cancer is one of highest cancer in Indonesia, which the number of cases are estimated at around 12/100,000 women. More than 80% cases in Indonesia were found at advanced stages, which medications are difficult. HER2 was a proto-oncogene which located at 17q21 chromosome. Changes in this gene reported to increase the transformation ability of normal cells into cancer cells with poor prognosis. Single Nucleotide Polymorphism or SNP was most variation in human genom and usually used as molecular marker. Ile655Val HER2 was one of SNP which reported as a biomarker for malignancy risk of breast cancer. 
Laboratory of molecular biology of health and diagnostic (BMKD) LIPI has developed SNP Ile655Val HER2 detection method using Tm-Shift SYBR Green I Real-Time PCR. This technique makes the detection of SNP HER2 was quick, high throughput, easy and inexpensive. 
The purpose of this research was to observe the performance of Tm-Shift SYBR Green I Real-Time PCR for detecting SNP Ile655Val HER2 breast cancer. The parameter that used to evaluated the performances of developed method are amplification curve, melt peak and melt curve, standard curve of limit detection of DNA concentration, consistency and presicion of Ct sampel and NTC and confirmation by agarose gel 4,5%. 
The developed method was effective and efficient for SNP detection with the lowest concentration DNA that can detect was 0,1562 ng/µl. Precision and consistency of this method also high with SD and CV value < 10. Confirmation with agarose gel show that SNP sample allele was not separated.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman