Update Artikelilmiah: 16398

WAHYONO

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Tanaman jeruk memiliki sistem taksonomi dan hubungan kekerabatan yang sangat rumit dan kontroversial. Permasalahan keragaman genetik antargenotip dan kultivar Citrus masih belum terpecahkan secara utuh. Indonesia kaya akan sumber plasma nutfah jeruk. Namun, di beberapa daerah banyak dijumpai jenis-jenis jeruk yang tidak diketahui asal-usulnya dan dikenal sebagai kultivar lokal dengan nama sesuai dengan daerah asalnya, atau kultivar yang sama dengan nama yang berbeda. Malate dehydrogenase (MDH) merupakan gen yang menyandikan enzim malat dehidrogenase, enzim ini berperan penting pada metabolisme seluler. MDH berbasis single nucleotide polymorphism (SNP) secara umum mempunyai mutasi yang sangat rendah, hal tersebut membuatnya sangat berguna untuk analisis filogenetik jeruk. Penelitian ini bertujuan untuk 1) mengkaji filogenetik jeruk Indonesia berdasarkan sekuen gen MDH, dan 2) mengkaji efektifitas sekuen gen MDH untuk analisis filogenetik jeruk Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian dan Laboratorium Genetika Molekuler Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman selama enam bulan dari bulan Oktober 2015 sampai dengan Maret 2016. Sequencing dilakukan di 1st Base Asia Sequencing Int., Singapore. Penelitian ini menggunakan sekuen gen MDH dengan jumlah sampel 20. Hasil analisis filogenetik menggunakan MEGA 6.0 membagi genotip yang diuji menjadi tiga klaster utama yang diyakini sebagai jeruk asli yaitu klaster mandarin, citron dan pummelo. Klaster mandarin terdiri dari jeruk sunkist Amerika, keprok Garut, siam Purworejo, siam simadu, siam Banjar dan siam Kintamani. Klaster citron terdiri dari jeruk nipis 1, nipis 2, limau 1 dan limau 2. Klaster pummelo terdiri dari jeruk besar Nambangan, besar Bali, besar Magetan, besar pummelo, jeruk intan, jari Budha dan jeruk lemon. Jeruk purut 1 dan purut 2 masuk ke dalam klaster micrantha yang dimungkinkan sebagai spesies lain yang berkontribusi sebagai spesies asli.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Taxonomic System and phylogenetic relationship of Citrus is very complicated and controversial. Indonesia possesed a high diversity of Citrus based on total taxonomi unit. Genetic diversity problems between genotype and cultivars of Citrus are still unsolved in their entirety. However, in some areas many common types of Citrus origin were unknown and were known as a local cultivar by name according to the region of origin, or the same cultivar with different names. Malate dehydrogenase (MDH) is a gene which encodes malate dehydrogenase enzyme, this enzyme plays an important role in cellular metabolism. MDH-based single nucleotide polymorphism (SNP) in general has a very low mutation and makes it very useful for Citrus phylogenetic analysis. This study was aimed 1) to assess the phylogenetic relationship of Indonesian Citrus based on MDH gene sequences, and 2) to asses the effectiveness of  MDH gene sequences for Indonesian Citrus phylogenetic analysis. This research was conducted at the Laboratory of Plant Breeding and Biotechnology, Faculty of Agriculture and Laboratory of Molecular Genetics, Faculty of Biology in Jenderal Soedirman University for six months started from October 2015 to March 2016. Sequencing process was conducted at the 1st Base Asia Sequencing Int., Singapore. This study used gene sequences MDH with 20 samples of Citrus. The results of phylogenetic analysis based on MEGA 6.0 divided the genotypes tested into three main clusters which were believed to be the original Citrus, there were mandarin, citron and pummelo clusters. Mandarin cluster was consisted of American sunkist, keprok Garut, siam Purworejo, siam simadu, siam Banjar and siam Kintamani. Citron cluster was consisted of nipis 1, nipis 2, limau 1 and limau 2. Pummelo cluster was consisted of pummelo Nambangan Citrus, pummelo Bali, pummelo Magetan, pummelo, intan, Buddha fingers and lemon. Purut 1 and 2 were clustered into micrantha cluster which possible as other species that contributed as true Citrus species.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman