Update Artikelilmiah: 14695

NOVA NURSHINDY

NIM

Judul Artikel

Abstrak (Bhs. Indonesia)

Permasalahan yang terjadi dalam genus Citrus adalah keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antargenotip dan kultivar Citrus masih belum terpecahkan secara utuh. Oleh sebab itu, dalam penelitian ini dipelajari mengenai keragaman genetik dan hubungan kekerabatan beberapa spesies jeruk yang ada di Indonesia menggunakan penanda Sequence Characterized Amplified Region (SCAR). Penanda SCAR tergolong mudah, terpercaya, stabil, cara yang efektif untuk identifikasi plasma nutfah, dan menganalisis keragaman genetik jeruk. Penelitian ini bertujuan untuk 1) mengkaji keragaman genetik jeruk di Indonesia berdasarkan analisis SCAR, 2) mengkaji hubungan kekerabatan jeruk di Indonesia menggunakan analisis SCAR, dan 3) mengkaji primer spesifik SCAR yang paling tepat dalam menganalisis keragaman genetik jeruk di Indonesia. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi Fakultas Pertanian dan Laboratorium Genetika Molekuler Fakultas Biologi Universitas Jenderal Soedirman selama lima bulan dari bulan Oktober 2015 sampai dengan Februari 2016. Bahan tanaman adalah 24 genotip jeruk dan enam pasang primer SCAR (forward dan reverse), yaitu SC1, SC2, SC4, SC5, SC7, dan SC9. Hasil penelitian menunjukkan primer SC4 menghasilkan pola pita monomorfik, sedangkan lima primer lainnya, yaitu SC1, SC2, SC5, SC7, dan SC9 menghasilkan pola pita polimorfik. Setelah dianalisis menggunakan metode UPGMA dengan alat bantu software SAS versi 9.1.3, 24 genotip sampel dapat dikelompokkan menjadi tiga klaster, yaitu klaster citron, klaster mandarin, dan klaster pamelo. Berdasarkan nilai PIC empat primer tergolong cukup informatif, yaitu SC1, SC2, SC5, dan SC7 serta satu primer lainnya tergolong kurang informatif, yaitu SC9. Nilai PIC rata-rata untuk primer yang digunakan adalah 3,2. Hal ini menunjukkan primer yang digunakan tergolong cukup informatif. Satu dari enam primer yaitu SC1 dapat digunakan sebagai primer spesifik untuk jeruk pamelo. Primer SC1 hanya mengamplifikasi genotip yang termasuk dalam klaster pamelo.

Abtrak (Bhs. Inggris)

Problems in the genus Citrus are genetic diversity and relationship between Citrus genotypes and cultivars. Therefore, this research studied about genetic diversity and relationship between Citrus species that exist in Indonesia using Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) marker. SCAR marker is relatively easy, reliable, stable, effective way to identify germplasm, and analyze the genetic diversity of Citrus. This research aims to 1) assess the genetic diversity of citrus in Indonesia based on the analysis of SCAR, 2) assess the phylogeny of Citrus in Indonesia using SCAR analysis, and 3) assess the most appropriate specific primers SCAR in analyzing the genetic diversity of Citrus in Indonesia. This research was conducted at the Laboratory of Plant Breeding and Biotechnology Faculty of Agriculture and Laboratory of Molecular Genetics Faculty of Biology Jenderal Soedirman University for five months from October 2015 to February 2016. The plant materials were 24 genotypes of Citrus and six SCAR marker pairs (forward and reverse), that is SC1, SC2, SC4, SC5, SC7, and SC9. The results showed that SC4 produced monomorphic band, while five other markers, that is SC1, SC2, SC5, SC7, and SC9 produced polymorphic band. After being analyzed using UPGMA method with SAS software version 9.1.3, 24 genotype samples were grouped into three clusters, that is citron cluster, mandarin clusters, and pummelo clusters. Based on PIC value, four markers were quite informative including SC1, SC2, SC5, and SC7 and one marker classified as less informative, that is SC9. Average of PIC value of the markers is 3,2. It shows that markers used is quite informative. One of the six markers, SC1 can be used as specific marker for pummelo. SC1 only amplified genotype under the pummelo cluster.

Kata kunci

Pembimbing 1

Pembimbing 2

Pembimbing 3

Tahun

Jumlah Halaman